这是个网络覆盖着世界，情报网络化进展快速的时代．人们的真实空间和假想情报网络空间都在发展着．
可以自由侵入网络的ハッキング集团（草原之狼）其中一员相马透在完成组织最后的活动，侵入国联军的数据库时组织里的朋友及领导都丧身了，本人也因此被军队抑制．为了获得自由他加入国联军黑客部队国联军治安维持局情报管理系第一小队．透一边处理不习惯的军队生活，一边寻找杀害友人的仇人．在这个小队里成员也因不同原因加入．他们同恐怖组织安全性企业 军队做战 其中发生了很多事，这些事并不都是偶然的，象是被什么吸引着，集聚到一件事上...

高中一年级学生河野贵明，父母因工作出国，家里只留下了他一个人。妈妈拜托住在隔壁的邻居（柚原一家）照顾他。

近未来的东京，有着一个为了夺取“最强武器”而建立的两大组织，以开发最强兵器为目的的导示重工，和通过操控遗传因子来制造优秀人类的NSWF。他们的共同目的只有一个，就是得到那个拥有着最强威力、并且只有通过被选中的女人才能操纵的终极武器“WITCHBLADE”。地震灾害的6年之后……天羽雅音、梨穂子 ，两人幸福的生活着，但是，等待着她们的却是，WITCHBLADE那暗之力的召唤，以及异常残酷的命运……

因为工作需要而潜入魔宫的冒险家‧阿始，遇见了肚子饿的少女‧莉露。不忍心丢下遭到父母亲抛弃，无依无靠的她——…
「如果你想当我的同伴，那就别再哭了！」
于是他们两人开始一起生活。但是莉露她并不是「单纯的」少女……？

渴望爱情滋润的初二女生——有原步美一天在放学回家的路上遇到了一个面相凶狠的“大猩猩”，就在她吓得发抖的时候对方却突然递过来了一封情书“有原步美小姐，我喜欢你，请和我交往——财津操”初恋就这样突然降临……当然，这只是其中之一开胃料而已，之后一群美少女们的恋爱校园剧才渐渐拉开序幕。

当他们骤然醒来，拯救人类的行动也随之展开！为了避免人类灭绝，一群少男少女被选入「7SEEDS计划」，未知的命运却等在前方。