继进取队出动之后，本作再次以不可思议的迷宫系列改编，里面的宝可梦都会说人类的语言。一个小男孩变成了波加曼，和小火焰猴组成胖可丁手下的探险队而展开救难的冒险。他们在向日花怪协助下完成了首次冒险。

拯救将近毁灭的世界不是一件简单的任务。因此，当城之内获得了四人的异国旅行的机会，游戏和他的朋友决定要珍惜这次难得的旅行，大概他们是这么认为的吧！在到达他们的目的地之前，他们的飞机失事，他们到了一个荒芜人烟的森林，遇见了神秘的 Dr. Alex Brisbane。Dr. Alex Brisbane惊奇地发现了，距离埃非常悠远的这个地方，有一个秘密的金字塔，通往另一个世界，胶囊怪兽的世界。

当游戏和他的朋友进入这个金字塔的时候，他们魔法传送到远古生物居住的危险王国，他们在一个神秘的迷宫中迷路,为了要找到通道回家,作了许多试验。

当游戏在生命危险的时候，他把的决斗盘换为 Capsule Shooter，一场生死决斗开始