距圣诞节仅有8天时间，SOS团在凉宫春日的号召下，不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨，阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见，朝比奈学姐视其形同路人，甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面，而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时，只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希，一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中，阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚，握有连接两个绝然不同世界的钥匙，他面临着重大的选择……

东京大街上的一角，某栋高楼的顶层废弃小屋中。町屋翔太正在制作梦想中的火炬，而他的朋友绫瀬明日奈的父亲的尸体，出现在了这座大厦。警察的调查没有什么结果。但第2天一位白发少女给翔太送来了明日奈的父亲写给翔太的“死后文”——死去的人留给生者世界的信息。而送信来的少女，自称文歌。死后文的内容是什么？是对尘世的思念，还是对生者的嘱咐？一封封“死后文”，引出了一段段人间悲剧。而送信少女文歌，似乎也隐藏着不可告人的秘密。

小学生小晴与未婚妈妈维达两个人快乐地住在热带雨林里，过着简单而欢乐的生活。一天，酒醉夜归的维达带回来一个美丽的小女孩，她叫阿布。本以为将更加快乐的生活，却在第二天开始了翻天覆地的改变。小晴发现，昨晚的阿布完全是伪装出来的。实际上，阿布不仅脾气古怪，爱捉弄小晴，并且还有一个什么都能吞噬的胃。而小晴从未谋面的爸爸，似乎也要来到这个热带雨林。充满爆笑与不可思议事件人物的热带雨林，因为阿布的到来，而变得与众不同起来。

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……