故事改外编自微软同名游戏。公元2552年，因为地球人口太多，人类不得不开始向星际间的殉众多行星移民，以开发新的空间。在某个太空移民组织突然消失后，派去调查此事的舰队仅有一艘战舰返回了基地。从此，外星种族星盟(Covenant)对人类的侵略就拉开了序幕，星盟的科技远远胜过于地球，逼得地球的军队节节败退，最后人类只好准备前往远方未探测过的宇宙寻求一线生机。在探测过程中，指挥官与他的组员被星盟舰队发现并追上。紧急关头，他们发现了Halo，一个巨大的异形环状世界，那里有着一万公里的直径与可呼吸的气体。在这个巨大的具有生命的圆环里，居住着不可思议的生物、奇特的植物、扭曲的地下巢穴、巨大的山脉，以及数不尽的充满怒气的异形。在飞船被击毁之后，部分的人类组员登陆在Halo的表面上开始了一场与星盟的战争……

2131年，地球爆发大规模的世界大战，各大主要城市尽成废墟，人们流离失所。讽刺的是，这场摧毁人类文明的大战最终没有任何战胜国。幸存的人类将原来的综合管理机构改造成名为奥林帕斯的基地，以此作为幸存者的理想国。
少女琉南•纳兹在一座废弃城市与火力强大的人造人展开激烈战斗，危急时刻，她的前男友布里亚留斯和美丽女孩瞳带领奥林帕斯的小分队赶来营救。布里亚留斯之前在北非战场失去大部分身体，如今也被改造成机械加身的人造人。结束了枕戈待旦的日子，琉南开始迎来平静祥和的生活。她发现奥林帕斯的科技极为发达，而这里相当数量的人类是人造人。这座过分祥和的理想国让琉南心有不安，它的背后似乎隐藏着不为人知的秘密……