在闹市区的后巷中，平凡高中生藤岛鸣海（松冈祯丞 配音）目睹了一桩突发事件。不日，他被同班同学彩夏带去了她打工的“花丸拉面店”，在这里，他居然又遇到了当天那三个“可疑人物”——柏青哥高手阿哲、“军事宅男”少校以及相貌俊美的宏哥，三人自称为“尼特族侦探”。就在鸣海一头雾水时，他阴错阳差地来到了“NEET侦探事务所”，遇上了一名奇怪的少女爱丽丝（小仓唯 配音）。爱丽丝看似是一个足不出户的家里蹲，事实上她是个拥有高超技术的网络黑客，她利用自己的能力接受委托，成为尼特族侦探。
因缘际遇下，鸣海当上了爱丽丝的助手，帮助调查事件。这个没什么存在感的平凡高中生，在尼特族侦探团中能起到作用吗？曾经不希望和别人有过多来往的鸣海，会和爱丽丝以及尼特族的大家产生什么样的羁绊？

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。
而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……