由于被陷害参与暗杀，失落的忍者家族必须以自己的方式对抗地下核掩体中的超自然强敌——变异者和食人僵尸。　　被围困在地下千尺，忍者们将直面地狱...

忍者神龟们发现了变种物质的泄漏之处,但史莱德同时也发现这一秘密,于是他们之间又展开了新一轮的战斗,而忍者神龟们也在战斗中得到了提高!

纽约市下水道，四只小海龟和一只小老鼠由于接触了含有放射性物质的凝胶而变异为巨大的人化生物。暴躁冲动却富有激情的拉斐尔（乔什·帕斯 Josh Pais饰），幽默风趣的的米开朗基罗（迈克林·西提 Michelan Sisti饰），个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 Leif Tilden饰）以及他们的领导者达芬奇（大卫·福尔曼 David Forman饰），这四只功夫高强的忍者龟便肩负起为纽约市除暴安良的神圣使命。他们神勇无比、所向匹敌，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结怨。神秘组织展开一次突袭，由于寡不敌众，忍者神龟受了重伤，同时，他们的老师也被这个神秘组织抓去。

　　贝克（巨石 The Rock 饰）欠了比利一大笔高利贷，比利承诺只要贝克到亚马逊中部的黄金城把他辍学在外漂泊的儿子屈维斯（西恩?威廉?斯科特 Seann William Scott 饰）带回来即免除一切债务，贝克爽快地答应了。　　贝克在黄金城通过一名酒吧女招待玛丽安娜（罗莎里奥?道森 Rosario Dawson 饰）很快就找到了正在寻宝的屈维斯。就在他要带走屈维斯时，当地的黑社会老大赫切带着手下也来争夺屈维斯，原来屈维斯知道了当地的宝物“加托”的下落。贝克打跑他们后，带着屈维斯赶往机场回家。途中屈维斯企图开溜导致两人都落入了当地的叛军手中，原来玛丽安娜就是叛军首领，她也在寻找“加托”。为了顺利回家，他们只能答应先帮叛军找出“加托”……

Originally aired in late 1986 during NBC's "Disney Sunday Movie."