“在我遇见他之前，我是不相信（奇迹）那种东西存在的。”带着这样的想法，漆叶凛华在回家路上发现了“飞在空中的企鹅”为了一夜暴富的凛华追踪企鹅的时候遇到了发光的鱼群，在追寻“飞在空中的企鹅”时，与空中飞过的光之鱼接触后失去了意识。第二天醒来，身体竟然穿过了地板！？同时东京出现了大量的超能力觉醒者。

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魔法。自从成为真正的技术以来还不到一个世纪，今春，持有施展魔法能力的「魔法师」培育机构「魔法科高中」，某位少女将入学就读。容貌秀丽、完美无缺的优等生，少女的名字为司波深雪。梦想着和一同入学的兄长，达也过着亲密的高中生活，但挡在她面前的是一科生与二科生，优等生与劣等生的高墙。