延续卖座第一集《马达加斯加》，流落荒岛的狮子艾利克斯与斑马等一行人，决定改造废弃于树头上的飞机离开无人岛，一开始还算顺利，一群动物们在飞机上开心庆祝即将回到五光十色的纽约，但随即坠落于大草原来到动物天堂「非洲」，不单如此，狮子艾利克斯在这里遇上了同类，却因为久居动物园失去沟通的本能，这一群十足观光客的外国动物，要如何融入环境？又是否能回到纽约，搞出多少笑料？

　　狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大（Tom McGrath 配音）、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊（Jeff Bennett 配音）、单纯而超梦的菜鸟（James Patrick Stuart 配音）以及疯狂危险的凉快（John DiMaggio 配音）却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演……

　　本片为动画电影《马达加斯加》的衍生剧。

在纽约的中央公园里，生活着这样一群无忧无虑的好朋友：狮子亚利克斯、斑马马蒂、长颈鹿麦尔曼以及胖河马格洛丽亚。他们的性格开朗活泼，因此每天的生活都过得丰富多彩。直到有一天，一群流浪的企鹅令斑马马蒂产生了一个大胆的念头，那就是逃出动物园，探寻自己的故乡，寻找新世界。于是，没有通知其他朋友，马蒂悄悄上路了。这下可急坏了朋友们，亚历克斯和其他几个朋友也逃出了中央公园，踏上了寻找马蒂的旅途。