狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大（Tom McGrath 配音）、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊（Jeff Bennett 配音）、单纯而超梦的菜鸟（James Patrick Stuart 配音）以及疯狂危险的凉快（John DiMaggio 配音）却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国闯天下。动物、人类，原始、文明，彼此间发生激烈碰撞，有趣的故事接连上演……

　　本片为动画电影《马达加斯加》的衍生剧。

狮子亚历克斯是丛林之王，哦不！这里的丛林指的是喧嚣的城市丛林，而非茂密的野生丛林。在纽约中央公园里的动物园，他算得上是吸引游客的头号明星。他和最要好的朋友斑马马蒂、长颈鹿梅尔曼和河马格洛丽亚训练有素，各自秀出的看家绝活即便是一招半式都会博得观众欢快的笑声和热烈的掌声。虽说四周有坚固的笼子和高大的围墙照应着，深受纽约市民喜爱的四位动物好朋友的日子过得还是相当的滋润，三餐不愁甚至可以享尽荣华富贵。
　　按说，这样的幸福生活正是许多野生动物向往和追求的。可是，马蒂却偏偏觉得这一切根本不值得留恋，他一直渴望回到老祖先们出生、成长的野生世界。在四只神秘企鹅的教唆下，马蒂开始萌生去意。于是，在企鹅们的帮助下，马蒂悄然逃离动物园，一举踏上探索野生世界的征程。马蒂失踪了！剩下的亚历克斯、梅尔曼和格洛丽亚心急如焚，决定不惜一切代价找到马蒂。三个伙伴也跟着逃出了从未离开过的动物园。搭上地铁，经过中转站，他们终于在终点站找到了马蒂。但是不久它们就被纽约的警察用麻醉枪打晕了。马蒂的行为唤醒了人们的思考，人们觉得应该让这些动物回归自然，于是引发了市民大面积的抗议，最后中央公园决定将它们送回非洲。而它们醒来之后，发现已经关在一个木箱子里了，他们正在踏上回非洲的路途之上。

轮船一路风浪颠簸，令关在箱子里的四只娇生惯养的园中动物叫苦不迭。天降神兵！早有预谋的四只企鹅迅速打翻船员、敲晕船长。而那四位因为起了一些小小的争议，使得四个箱子全部掉入大海之中，顺着洋流他们飘到的马达加斯加岛。从小到大都有人类的照顾，可是现在他们该如何应付野外生存的新挑战呢？如何亲身体验“野生世界才是真正的丛林”这句话的含义呢？

延续卖座第一集《马达加斯加》，流落荒岛的狮子艾利克斯与斑马等一行人，决定改造废弃于树头上的飞机离开无人岛，一开始还算顺利，一群动物们在飞机上开心庆祝即将回到五光十色的纽约，但随即坠落于大草原来到动物天堂「非洲」，不单如此，狮子艾利克斯在这里遇上了同类，却因为久居动物园失去沟通的本能，这一群十足观光客的外国动物，要如何融入环境？又是否能回到纽约，搞出多少笑料？