创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。
南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。
另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。
要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。
而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

2001年，表面繁荣的国际社会的内侧，实际存在着暗中掌控着全世界的邪恶秘密组织“毒牙”，他们邀请发现了特殊能源比姆拉的真田博士加入，而真田博士则选择了牺牲自己保护比姆拉的秘密。

在那之后，毒牙把魔爪伸向了真田博士的儿子健太，危机关头，神秘光头萨哈拉斯率领的古德闪电部队保护了健太，他们搭乘以比姆拉为能源的古德闪电一次又一次展开空间跳跃之旅，而为了夺取比姆拉，毒牙也对他们展开了追击。

绿色草原，是个能够使人和神奇宝贝都心境安宁的地方，在这里住着秀力博士和他的女儿小美，有一天，秀力博士在遗迹里研究神秘神奇宝贝-未知图腾的时候，不小心被吸进异次元内，小美十分思念父亲，没想到竟因此唤醒了未知图腾。未知图腾将小美的心灵以结晶化呈现，最后更创造出小美最喜欢的传说神奇宝贝-炎帝，小美因此误以为爸爸变成炎帝的模样回来了，炎帝为了实现小美的心愿，并充当他的爸爸。小智的妈妈和秀力博士是旧识，因为担心小美而赶来，在这碰到刚结束对战来到这里休息的小智他们。没想到炎帝却从结晶塔中出现，将小智的妈妈暂时催眠，强行带走。得知整件事情的经过后，小智等人于是并决定前往结晶塔，救出小智的妈妈，并让小美脱离那里......

朝雾阳子（鹤弘美 配音）是一位非常普通的17岁女高中生，她暗恋着一位少年却不敢表露心迹，于是，阳子将自己的全部感情注入了音乐之中，为这个少年写了一首情歌，本来决定在歌曲完成之时就去告白的阳子，事到临头却依然犹犹豫豫无法鼓起勇气。
一场意外中，阳子发现自己穿越到了异世界中，录有那首情歌的随声听被人抢走，不仅如此，她还莫名其妙的遭到了追杀。与此同时，阳子发现自己变身成为了身穿铠甲，手举利剑的女战士，她必须靠自己的努力，在这个弱肉强食的世界里生存下去。

1997 年放送のシリーズに関わっていたスタッフを迎え、サトシとピカチュウの「いつもの、特別な一日」を描く、年内最後の放送にぴったりなスペシャルエピソードとなっています。