被关在Merry Land地下监狱的克罗米和巴克在某一天，得到了魔法道具Melody·Bow而逃到了人间界，它们的目的是用魔法让人们作噩梦，从而得到无限的黑暗力量。其中，被怀疑上帮助他们逃亡罪名的“Mai Melody”来到了人间界，为了抓住克罗米和巴克，并且还接受了王的保护人类的梦境的使命。在日本的一座极其普通的新兴城市——梦丘市，克罗米他们在这里展开了行动。对那些怀着各种梦想的市内的人们，克罗米以“实现你的梦想”为名接近他们，用魔法道具（Melody·Key）令那些扭曲的梦境实现化。
另一方面，追逐着克罗米来到梦丘市的Mai Melody遇到了名叫梦野歌的女中学生。正当演奏的时候小提琴被施了噩梦魔法，救了束手无策的歌。之后Mai Melody就住进了歌的家，在遭遇了数次克罗米的噩梦所引起的骚动后，Mai Melody开始使用魔法道具Mai·Tact，从克罗米引起的噩梦魔法中拯救人们。然而，每天都发生的噩梦骚动，不仅波及了歌的家人和朋友，更影响了城里的人，终于连歌所崇敬的柊前辈也被卷了进来……

在一场人类的浩劫之中，兰顿（三瓶由布子 配音）的父亲牺牲了自己，拯救了地球，被称为英雄永久的记入了史册。失去父亲后，兰顿一直和身为机械工程师的祖父相依为命。日复一日的寻常生活让兰顿感到十分压抑，只有一件事情能够激起他的兴趣，那就是在青年之中十分流行的“滑空”运动。兰顿十分仰慕滑空天才霍兰德（藤原启治 配音），一直希望能够加入他的组织“月光洲”。
某日，一位名叫优莱卡（名冢佳织 配音）的神秘女孩驾驶着一架故障的LOF从天而降落到了兰顿的家中，随后，军队赶到，似乎在对优莱卡进行追捕。兰顿凭借着自己的勇气和实力战胜了军队，并因此而获得了加入月光洲的机会，少年平凡的命运就此改变。

一天，胖虎（立壁和也 配音）、小夫（肝付兼太 配音）和大雄（小原乃梨子 配音）三人在空地讲着有关密境和魔境的事情，胖虎和小夫希望能去密境去探险，就拜托大雄去求哆啦A梦（大山羡代 配音）帮忙。回家后大雄开始求哆啦A梦，哆啦A梦面对大雄的“撒娇”没辙，于是拿出了道具“家用人 造卫星”来寻找密境。正找着不亦乐乎之际，妈妈叫大雄出去买东西，再回来路上，见到了一只流浪狗，而回想起妈妈不准收养流浪宠物的家规，准备放弃之时，却因为帮助妈妈找回钱包，破例收养了。而他真实身份是保弯湖王国的保弯湖108世的儿子——昆佗克王子（清水マリ 配音），因为邪恶大臣达保兰的篡权，被迫流放外出。昆佗克王子趁着他们找寻密境之际，将自己回家的路线假装成探险路线给了大雄，探险路上又将会发生什么有趣的事情了，昆佗克王子能夺回自己的王位吗……

大雄（小原乃梨子 配音）与哆啦A梦玩耍时意外发现，房间的塌塌米下方与旷野星上一艘太空船相连，太空船的主人叫罗布鲁（菅谷政子 配音）。大雄与哆啦A梦（大山信代 配音）阴差阳错地进到了这个星球，在旷野星上，引力比地球小，大雄成了大力士飞毛腿，成了旷野星的超人了。同时也结识了一批旷野星上的朋友，罗布鲁的妹妹克蕾姆（小山茉美 配音），还有跟哆啦A梦一样爱吃铜锣烧的江姆（杉山佳寿子 配音），全身覆毛的雌性动物，是罗布鲁的宠物。而罗布鲁的家人和邻居遭到了卡尔泰矿业公司驱赶，这个公司专门将星球上的人们赶走后，不顾星球的存亡，疯狂得开采星球上的资源，导致有许多星球已经不适合人居住了。为了不让罗布鲁的星球遭到破坏，大雄决定留在星球上与坏蛋斗争到底……

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。