卧底阿钉（佘诗曼 饰）收到了一条神秘短信，追溯到神秘人郭铭的犯罪集团，其手下两名重臣少爷（古天乐 饰）和阿蓝（张家辉 饰）很可能是之前警队失联的卧底。而在捣灭犯罪集团的过程中，其中一人暴露身份也使这对情同手足的好兄弟陷入信任和生命危机。而卧底联络人Q Sir（吴镇宇 饰）和卧底阿钉也面多重危难。在迷雾中，一场激战蓄势待发

明末年间，中原与金国边境战火硝烟四起，姬无双（吴镇宇 饰）的魔教大行肆虐。朝廷与武林联合抗敌。武当派首徒卓一航（张国荣 饰）自幼桀骜不驯，但天资过人，极受掌门紫阳真人看重。卓一航幼年奇遇不断，先后结识了当时还只是武官的吴三桂（高雄 饰）与神秘的狼女（林青霞 饰）。成年后的卓一航为人正直，但浪子本性不改，不愿受礼教束缚，仗义行侠却屡屡受指。大师姐（蓝洁瑛 饰）对其倾心，卓一航却毫不动心。再次偶遇狼女，卓一航心生爱意，狼女亦为之倾心。然后正邪不两立，有情人面对诸般艰难险阻，终是黯然收场……

从小被神奇婆婆抚养长大的阿日（郭晋安 饰）和阿月（张卫健 饰）是一对性格不尽相同的好兄弟，都练就了一身的好功夫，为人也都极尽狭义，被皇上御封为日月神侠。在闯荡江湖的过程中，他们先后邂逅了各种奇异之人、奇异之事，结识了千金大小姐裘菁菁（杨羚 饰），金华，银柳等人，阿日和阿月和她们发展了纠葛的多角恋。
在看似一切无恙的背后，却隐藏着一个惊天秘密，那就是阿月的身世之谜。原来阿日阿月均是仙魔大战的代表，只是阿日是代表正义的道半仙的儿子，而阿月则是魔尊之子。知道真相的阿月接受不了这个事实，在逼近仙魔大战百年纪念日的日期，阿月成了魔。曾经的好兄弟，现在却成了不共戴天的宿敌。日月神剑能否再度合璧？