U.C.（宇宙世纪）0079年，人类向宇宙发展并建立了多个巨大的卫星，让人类能够居住在宇宙中。卫星的居民们不堪忍受地球联邦政府对其剥削和压迫，遂宣布独立，更组建军队与地球联邦政府决一雌雄。在战争中双方先后开发了机动战士并投入战场。NEWTYPE少年阿姆罗·雷无意中驾驶上联邦军新开发的机动战士高达，卷入后来被称为“一年战争”的战斗中，并与其宿敌夏亚·阿兹纳布尔相遇。

1979年电视动画《机动战士高达》总集篇剧场版三部曲的第一部。

经过短暂的和平后，贵族主义在宇宙殖民地的政治界和商界中抬头，当中罗那家族更组成一支私立军队“骨十字先鋒軍”。地球联邦军一直对宇宙民居采取观察态度，并没有加以理会。U.C.0123年，骨十字先鋒軍部队突袭Side 4各宇宙殖民地，与地球联邦军部队交战。地球联邦军的机动战士的性能不及骨十字先鋒軍的机动战士，战争处于一面倒的状态。宇宙殖民地FRONTIER IV的某间大学内正在进行选美比赛，正当裁判宣布谢西莉胜出时，一架被毁的机动战士掉下来，会场顿时陷入恐慌。主角西普克和他的朋友集合后前往战争博物馆避难，但他们眼见地球联邦军节节败退，于是决定驾驶的半毁的旧式机动战士，想逃往24号港口乘搭难民船……

宇宙世紀 0087 年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ（シャア）、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス２を巡る最終局面へと突き進んでいく。
戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Ｚガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。
そして、ついにカミーユは知る。Ｚガンダムの持てる力で倒すべきは誰なのかを――。戦火の果てにカミーユを待ち受ける運命は !?

宇宙世紀 0087 年、地球連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と、反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦は続いていた。エゥーゴに身を投じたカミーユは地球降下作戦後、エゥーゴの支援組織「カラバ」のハヤト・コバヤシらと接触。ティターンズの追撃をかわしつつ、再び宇宙へと還る機会をうかがっていた。
そんな折り補給のために立ち寄ったニューホンコンで、カミーユは、神秘的な少女フォウと運命的な出会いをする。だが、フォウはティターンズの強化人間。禁じられた二人の出会いは、カミーユの心を愛と苦悩に引き裂く。哀しみに満ちた戦いの果て、フォウは決死の覚悟で、カミーユを宇宙へと送り出す。
宇宙へと戻ったカミーユを待ち受ける激しさを増した戦場と、新型モビルスーツ“Ｚ（ゼータ）ガンダム”だった。非道なコロニー落とし作戦や月面都市への爆弾テロなど、激しさを増すティターンズの戦法。そして大きく変転を始める政治状況。エゥーゴは指導者ブレックス准将を暗殺で失い、一方ティターンズ内部では木星帰りの男シロッコが勢力を拡大しつつあった……。
そして、ついに動きを見せ始める第三勢力――それは旧ジオン軍の残党、アクシズだった。カミーユの新たな力、Ｚガンダムが、混迷の戦場を切り裂いて飛ぶ！

宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史Regild Century(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。
RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯Capital Tower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的Photon Battery，故被视为是圣地。
其守护组织Capital Guard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MS G-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。
然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。
不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。
宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

主人公の少年ユウキ・コスモら地球人が移民したソロ星で、第六文明人の遺跡が発掘された。遺跡の文献からフォルモッサ・シェリルが導き出した名を取り、発掘された巨人ロボットはイデオンと呼ばれるようになる。
そのイデオンは、異星人バッフ・クランの伝説でイデの巨神として語り継がれていたものだった。イデ捜索隊隊長のギジェ・ザラルに無断で、カララ・アジバが調査のためにソロ星（ロゴ・ダウ）へ向かう。
コスモ、ジョーダン・ベス、イムホフ・カーシャがイデオンを操縦するが、二つの人類は双方とも相手を異星人と呼び、恐れ、自分の星を守るために異星人を殲滅しようとして戦火を拡大させた。
コスモ達はソロ星を捨て、イデオンの母船ソロシップに乗って宇宙を逃亡する。

宇宙世纪0153年，这个时候地球联邦已经名存实亡，统治衰颓腐朽，宇宙殖民地纷纷脱离控制，地球圈成为诸多军阀逐鹿的场所；建立于Side 2的新兴国家赞斯卡尔帝国开始对地球的侵略，联邦军根本无法阻挡，只有民间军事组织“神圣军事同盟”还在坚持抵抗。出于一个完全偶然的机会，少年胡索·艾文成为神圣军事同盟的驾驶员，被赋予了最新锐的机体，V高达……

时代背景：人类过快的文明进步使得世界发生了“大变动”。人们为了使地球资源能够更有效地得到利用下去，在环境严酷的土地上建造了“园顶都市”生活在那里；而把环境相对较好的土地让给了动植物。但是，有的人却认为人们即使是生活在自己原本的土地上也是可以的，于是世界各地“返乡运动”的浪潮不断袭来，离开都市、回到自然。。。
主人公是一个生活在西伯利亚的园顶都市的少年，盖那(ゲイナー),他在网络虚拟对战游戏 OvermanBattle中的表现出众而得到了"king"的称号。日常生活盖那只是一个很平凡的少年，和死去的双亲一样他也对"返乡主义者"持有怀疑的态度；但是一天他却被突然出现的西伯利亚铁道警察带走拘留了起来，在监狱里盖那遇见了一个名叫盖恩的男子。有感于盖恩的特质盖那决定和他一同越狱，盖恩带着盖那潜入梅大优公爵的收藏室盗取"overman"以便逃出园顶都市，为了打败前来阻挠的西伯利亚铁道警备队，盖那第一次驾驶着真实的overman 开始了他的战斗。。。。。

某日突然现身于静冈的异星文明"Gaizok(ガイゾック)".开始侵略地球的行动.在数百年前逃避追杀而来到地球的神氏家族的后裔们,决意守护这个第二故乡.发动先祖遗留下来的巨大宇宙船"帝皇比亚路(キングビアル)"以及巨大合体机械人"赞波3(ザンボット3)",展开连番恶斗.
然而,神氏家族的付出却被百姓们所厌恶,认为他们就是招来Gaizok的元凶而遭到迫害.尽管被不信任,被出卖,被排挤,胜平一家还是坚持自己的立场,保卫地球......

U.C.0093年3月，随着夏亚·阿兹纳布攻击地球的计划被朗德·贝尔队阻止，新吉恩与联邦间的战火亦逐渐平息。但联邦始终未能完全统一地球圈，直至0100年，联邦军方以新吉恩残党及新奥古联军叛乱等事件为由，使SIDE3的吉恩共和国放弃自治权，而宣布已完全消灭战乱，从此将建立一个安定、和平的地球圈。
然而，联邦自身却并无多大改善，一天天持续着向官僚主义及特权主义的堕落，甚至欲制订法案，让地球变成少数特权阶级居住的场所。对了对付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察“AIEN HUNTER”用武力强行驱逐或干脆实行杀戮。
在这种局面下，一位联邦军的老将军匿名为库瓦克·萨尔瓦，建立起秘密反政府组织“马法狄·纳比尤·艾林”(由苏丹、阿拉伯及古爱尔兰语合成的名字)，针对联邦高官菜开了暗杀等一系列恐怖活动。联邦军内素有声望的布莱德大校之子哈萨维·诺亚，也加入了这一组织，并担任重要职责。
U．C．0105年，马法狄在月球复合企业秘密开发最新的机动战士-εGUNDAM(CRAZY）疯狂高达，Ξ的名称是受著名的NEWTYPE战士阿姆罗·利最后使用的机体νGUNDAM的启发而得)。εGUNDAM装备了米诺夫斯基引擎，可以模拟反重力推进，头部则装备了扩大驾驶员脑波的系统PSYCHO V PROGRAM。4月20日伪装成陨石的εGUNDAM降落到地球赤道附近的海域，隐藏在众多岛屿之中马法狄的秘密基地。地球联邦军的基恩巴部队受命讨伐马法狄，为此将新开发的机动战士PENEROPE和其测试驾驶员林·埃姆送至地球。PENEROPE的机体设计思想也是根据高达系而来，亦装备了米诺夫斯基推进器，有四门机关炮以及念动制导导弹。
马法狄策划在地球联邦政府首脑会议时，暗杀所有的高官阁僚，以阻止联邦军制订不平等的移民法案。作为εGUNDAM驾驶员的哈萨维借自己是植物观察官研究生的身份与诸多阁僚搭乘特权阶级的航天飞机回地球，并让马法狄的伙伴佯攻航天飞机，然后与基恩巴雷部队新任司令柯内斯·斯雷克大佐联手击退马法狄，获取联邦军的信任。参观了基恩巴雷部队的基地及PENEROPE后，哈萨维躲过联邦的监视，与伙伴们会合取得εGUNDAM，并驾驶它击败了来犯的PENEROPE。
数星期后，地球联邦政府于香港召开首脑会议。马法锹在机场安置炸弹，却因NEW TYPE少女吉姬·安塔露茜姬的提示，令基恩巴雷部队逃过这次毁灭性的打击。其后，哈萨维代表马法狄向联邦发表宣战通告，在布下迷阵引开基恩巴雷部队注意的同时，驾驶εGUNDAM率领众人攻击会议场，造成大半的联邦阁僚死亡。柯内斯急中生智转移战场，并布置下大量的光线结界，让PENEROPE将εGUNDAM引诱到结界中，用高压电将哈萨维击昏。新的联邦政府迅速地成立，接任的阁僚们一至认为必须将逮捕的马法狄处以极刑。对联邦产生厌倦的柯内斯提出辞呈，他不想亲手处死好友哈萨维。但是，接任柯内斯太平洋地区军管区司令一职的人却是布莱德·诺亚——哈萨维的父亲15月1日毫不知情的布莱德在柯内斯将自己的儿子处刑之后，接手基恩巴雷部队。两天后，离开联邦军的柯内斯·斯雷克相吉姬·安塔露茜哑，发现联邦军发表哈萨维是马法狄的真相，而且竟然还说是由父亲布莱德·诺亚“大义灭亲”、亲手执行了死刑!愤怒的柯内斯带着吉姬飞往哈萨维的故乡日本，他决定要重建马法狄·纳比尤·艾林，为了友人赋予这个名字所隐藏的含意——“人类生活的全领域、真实、正当的预言者之王”。

“バイストン・ウェル”は海と地の接する間にある異世界である。深海を空に、地熱と人の“オーラ力（ちから）”を源に、妖精フェラリオや闇のカ・オスまでもが共存する世界である。
“ア”の国の地方領主ドレイク・ルフトは、戦力増強を図り、優れたオーラ力を持つ地上人を呼び込もうとしていた。 そのひとり、ショウ・ザマは、オーラバトラー・ダンバインを与えられ、聖戦士と遇されることになる。だが、反逆者ニー・ギブンと彼に従う地上人の少女マーベル・フローズンに出会った時、ショウは不可解な言葉を投げつけられる。「何も知らずドレイクに手を貸す馬鹿な男」。 やがて“バイストン・ウェル”での争いは、地上界をも巻き込む巨大な戦雲となっていく。