在这个故事里，濑户内海并非地名，而是大阪某男子高中二年级两个男生的名字。濑户小吉（菅田将晖 饰）身形瘦弱高挑，他曾是足球部的一员，但因和前辈关系不睦而退出社团。内海想（池松壮亮 饰）文质彬彬，沉默寡言，却也并非只知道读书的书呆子。不知为何，这两个看起来完全没有交集的“回家部”成了朋友。每当下午放学后，他们便相约来到河边坐下。在内海去补习班前的这段时间里，两个人便海阔天空地闲聊起来。他们的话题无所不包，却又无聊空洞。当那个妖精一般的女孩樫村一期（中条彩未 饰）出现时，不经意间在木讷的大男孩心间激起波澜……
本片根据此元和津也的同名漫画改编。

　　天才物理学家汤川学此次又受内海薰所托，调查一件不可思议命案。受害人富樫慎二被发现死在河边，面目指纹尽毁。最大的嫌疑人是他的前妻花冈靖子，然而靖子却有着完美的不在场证明。一个人能够同一时间出现在不同地方吗？当汤川发现住在靖子隔壁的是当年的大学同学、同为天才的数学家石神哲哉时引起兴趣。毕业后因要照顾父母没有留校反而去高中教数学、一直生活得很落魄的石神每晚利用公用电话教靖子如何应对警察追查，靖子渐渐感到被束缚，但是由于给出的口供毫无可疑之处，警察决定放弃对靖子的调查，这时汤川却指出石神是关键人物。案件的真相如何？世界上真有一个人同时出现在两个地方的事情吗？