《明末农民战争史》是顾诚先生的第一部专著。顾诚从1977年开始研究明末农民战争史事，1982年冬写成《明末农民战争史》，1984年出版发行，广受学界和读书界推崇，初版已脱销多年。《明末农民战争史》从明末农民战争爆发，叙至大顺政权和大西政权失败。基于对史料涸泽而渔式的爬梳（仅方志就参阅了近千部），作者屡有不刊之论推出，尤其对几成定论的所谓“流寇主义”、“起义军封建化”，以及“李自成败退北京的真正原因”等重大历史问题，均有精深独到的见解。另对李岩其人的证伪，对“荥阳大会”的解构等，均不独谨严，亦颇具趣味。
初版之后，顾诚本人曾对《明末农民战争史》错漏之处做过一番校订，对书末所附《大顺政权地方官员表》等做了大规模增补。《明末农民战争史》再版之际，将上述内容完整呈现；并以代序的形式，收录作者的一篇逸文《我的治学经历》。经家人同意，还精选了数幅照片置于卷首，以资纪念。

本书特点是基本上以大顺军、大西军余部及郑成功等民众抗清斗争为主线；贯串全书的脉络是强调历时二十年的抗清斗争失败的主要原因是抗清势力内部矛盾重重，严重分散，抵销了抗清力量。南明的历史，包括了大顺军攻克北京及消军入关问鼎中原以来，直到康熙一年夔东抗清基地覆灭的各地地反清运动的历史。它是群雄争霸又是明朝的延续，也是清初历史的一个主要组成部分称之为南明,是因为以北京为都城的明朝业已覆亡这段时期的战斗主要在南方展开，又是在复兴明朝的旗帜下进行，而弘光、隆武、鲁监国 、永历朝廷都是在南方建立的。但是，抗击清朝的暴虐统治，并不仅限于南方，陕、甘、晋、冀、鲁、豫等地的抗清运动连绵不断。