故事发生在新大陆被发现不久后，英国一批勇敢的开拓者在雷利夫总督和上尉庄麦斯的带领下来到了美洲新大陆，遇上了当地美丽的土著公主宝嘉康蒂。庄麦斯被美丽的宝嘉康蒂深深吸引，庄麦斯向她解释了总督是为了黄金才来到这里，但他很乐意帮助当地的土著建设家园；宝嘉康蒂表示这里的人从来没有见过黄金。这时庄麦斯得知雷利夫总督挖不到黄金，已经开始攻打当地的部落意图从他们手中夺取黄金。他决定阻止这一切，化解白人和当地人之间的仇恨。

自从上一集牛仔伍迪救回巴斯光年之后，他一直和其他玩具一起快乐的生活在小主人家。一次，小主人参加夏令营去了，伍迪因为破旧而没被带去。留在家里的伍迪恰巧被一个玩具收藏家发现了，认为他是近代最具代表性的玩具。于是将伍迪被偷了出来放在颇富盛名的文化博物馆内展览。在家里所有的玩具 都很担心伍迪，因此巴斯光年自告奋勇去寻找伍迪，但是当他们发现伍迪在展览馆时， 伍迪却似乎不再愿意回去过那平凡的生活……