スマートフォン向けゲームアプリ「Fate/Grand Order」を初めて劇場版アニメ化し、人気エピソード「第六特異点」を基に描いた「劇場版 Fate/Grand Order 神聖円卓領域キャメロット」の後編。西暦1273年のエルサレム。3つの勢力が対峙するこの地にたどり着いた遍歴の騎士ベディヴィエールとカルデア一行は、白亜の城を築き民を殺戮する獅子王と“円卓の騎士”を倒すため、“山の民”と手を結ぶ。壮絶な死闘を終えた彼らは、強大な力を持つ“太陽王オジマンディアス”に同盟を提案。しかしオジマンディアスは獅子王の計画を明かし、自らの民を守るため同盟を拒否する。獅子王の真意を知ったベディヴィエールたちは、その目的を阻止するべく、聖都キャメロットへの進撃を開始する。

动画《Fate/Grand Order 绝对魔兽战线 巴比伦尼亚》改编自同手游剧情第7章。第七特异点——绝对魔兽战线 巴比伦尼亚!本次圣杯探索的舞台为神代，世界最古老的都市文明，魔兽栖宿的乌鲁克之地。第七特异点位于公元前2655年，人类和神明决裂的最初时代。「三女神同盟 」相互勾结要将人类引向灭亡。吞噬乌鲁克的毁灭预言。直面绝对的终焉，最惨烈的战斗已经揭开序幕!

經過七個特異點的戰鬥，人理延續保障機構‧迦勒底終於來到了聖杯探索的最終地點——冠位時間神殿所羅門。要奪回人類的未來，必先要打倒所有事情的元兇‧魔術王所羅門。在迎來最終決戰之前，各人都有自己的安排。
羅馬尼．阿基曼思考自己將要作出的選擇、瑪修則因自己尚餘不多的日子，心裡充滿千愁萬緒。而藤丸則為了最後戰役，穿上新的禮裝。
賭上過往大大小小的相遇，以及眾多的未來，藤丸與瑪修踏上征途……