天上欧蒂娜是一位穿着男生制服的性格少女。年幼时为一位王子所救，由于心怀憧憬而期望自己能成为王子。
入读凤学园之后，欧蒂娜因为特立独行的作风而受到校方责难，但同时也成为了众人目光的焦点。这样的欧蒂娜遇到了被称为“蔷薇的新娘”的柔弱少女姬宫安希，同情安希的遭遇而决定保护她的欧蒂娜，被卷入了学生会争夺“改革世界的力量”的一系列决斗中，向“世界的尽头”发起挑战。

少女革命的原作是以幾原邦彦为首的原创团队ビーパパス（Bepapas），团队成员包括榎户洋司、さいとうちほ(斋藤千穗)、長谷川眞也、小黒祐一郎等人。有些人以为由斋藤千穗执笔的漫画是《少女革命》的原作，这其实是误解，实际上少女漫画家出身的斋藤与幾原就《少女革命》的主题意见相左，这一点在漫画版《少女革命》中亦有所体现。而《少女革命》的TV动画由于其隐晦深刻的内涵和独特的世界观而与EVA、机动战舰并称为OTAKU三大经典。

舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。
“想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。