电影"南山的部长们"以韩国中央情报部(KCIA)的部长们(副总理级)与他们所主导的政治阴谋为素材， 原作为揭露韩国政治内幕的同名小说，以历代中央情报部的部长金载圭和金炯旭的故事为中心重新创作而成。1979年下半年，YH贸易女工笼城事件、新民党总裁金泳三的国会议员除名事件以及10月的釜马事件先后爆发，政局不定。中央情报部金载圭和强硬派总统警卫室室长发生摩擦，朴正熙对他逐渐反感和不信任。1979年10月26日，在汉城钟路区宫井洞中央情报部官邸中，朴正熙和总统警卫室室长在宴会酒席中被金载圭用手枪枪杀。

1979年10月26日，时任韩国总统的朴正熙被自己的亲信射杀，局势顿时波谲云诡。为调查此事，陆军保安司令官全斗光（黄政民 饰）被任命为联合调查总部部长，而这个天生反骨的男人趁机扩大自己的势力，拉帮结伙，培植亲信，狼子野心昭然若揭。为了牵制全斗光，参谋总长任命将军李泰信（郑雨盛 饰）担任首都警备司令官，以防肘腋之变。与此同时，全斗光感受到来自总长的威胁，于是纠集亲信密谋逮捕总长，试图先下手为强。谁曾想全的人马急于求成，在未能逼迫代总统签署逮捕令之前便展开行动。成王败寇，一旦失败就会成为韩国的叛国者。一不做二不休的全斗光索性揭竿而起。
而孤军奋战的李泰信，将秉承最朴素的信念与叛军展开对抗……