厄崔迪家族被帕迪沙皇帝和哈克南人联手灭族后，保罗·厄崔迪（提莫西·查拉梅 饰）在厄拉科斯的沙漠中遇到了预言中自己的灵魂伴侣，弗雷曼女战士契妮（赞达亚 饰）。母子二人经过一系列致命的考验后，保罗的母亲杰西卡夫人（丽贝卡·弗格森 饰）成为弗雷曼人新的圣母，保罗则以穆阿迪布之名加入弗雷曼人，并让厄拉科斯上所有的弗雷曼族群相信自己就是预言中的天外之音，传说中的救世主。一次行动中，保罗意外遇到奇迹般生还的哥尼（乔什·布洛林 饰），并在哥尼的带领下找到了厄崔迪家族留下的核弹。在沙暴的掩护下，保罗率领弗瑞曼人发动奇袭，用核弹炸开了阻挡沙暴的山壁。义军骑著沙虫攻入皇帝的行营，消灭了皇帝和哈克南人的大半军队。男爵在皇帝行营被保罗杀死，而男爵的侄子菲德-罗萨·哈克南（奥斯汀·巴特勒 饰）则代替皇帝接受了保罗的单挑，最终保罗赢下决斗成功继承帝位，并承诺迎娶皇帝的女儿伊若琅公主（弗洛伦丝·皮尤 饰）为名份上的妻子。目睹这一切的契妮无法接受保罗的变化和选择，愤而离席，留下的保罗则面临着一生所爱与宇宙命运的两难选择。

电影《沙丘》为观众呈现了一段神秘而感人至深的英雄之旅。天赋异禀的少年保罗·厄崔迪（提莫西·查拉梅 饰）被命运指引，为了保卫自己的家族和人民，决心前往浩瀚宇宙间最危险的星球，开启一场惊心动魄的冒险。与此同时，各路势力为了抢夺这颗星球上一种能够释放人类最大潜力的珍贵资源而纷纷加入战场。最终，唯有那些能够战胜内心恐惧的人才能生存下去。