少女早良泰子在十六岁生日当天，收到父亲送给自己的一份特殊的礼物。这份礼物打开了一段尘封已久的往事，引领泰子走进了已经去世的母亲的青春记忆，并因此使她对自己的生活有了新的体悟。带着对母亲的好奇以及对未来的憧憬，泰子与好友们走向了作为成年人的崭新的生活，然而由于对“美“与”善“的不同理解，曾经亲密无间的伙伴各自展开了迥异的人生，命运的复杂与残酷也逐渐消磨着他们单纯的热情。在现实的冲击之下，当年美好的幻想一如脆弱的砂城般经不起时间的冲蚀。而真正不可消逝的美好事物究竟是什么？泰子带着她的疑问，走向了更开阔的世界。

《深河》讲述了：“深河”——印度的恒河。圣河之滨，死者的尸首被焚烧，骨灰洒入河中，期望灵魂将在来世复活；无数虔诚的人穷毕生之力到恒河朝圣，即使倒在半路也无怨无悔，他们用混有骨灰的恒河水洗漱、沐浴，体验圣洁和光辉……一个前往印度的日本旅行团，团里成员心性各异：有一心追寻妻子转世可能的职员，也有欲将心事寄托于鸟儿的童话作家，还有曾在缅甸丛林历尽炼狱之苦的老兵…他们被“深河”强烈震撼，尤其是当见到背负年迈力弱的异教徒“贱民”前往恒河的天主教神甫时，所有人在刹那间寻找到了生命的真谛……

《沉默》發表於一九六九年，是探討遠藤文學的最重要作品之一，評價極高，榮獲第二屆谷崎潤一郎獎，其中探討基督宗教在東方社會紮根時面臨的問題，包含東西方文化的差異等等。之所以取名為「沉默」，理由有二：(一)反抗歷史的沉默；(二)探索神的沉默。
故事發生在德川幕府時代禁教令下長崎附近的小村子，一個葡萄牙耶穌會的教士偷渡到日本傳教，並調查恩師因遭受「穴吊」而宣誓棄教一事，因為這事在當時歐洲人的眼中，不只是個人的挫折，同時也是整個歐洲信仰、思想的恥辱和失敗。在傳教與尋訪的過程中，信仰與反叛、聖潔與背德、強權與卑微、受難與恐懼、堅貞與隱忍、掙扎與超脫……所有的兩難情境都面臨了，逼迫著他對基督的信仰進行更深層且更現實的思索，最終，他彷彿也走過一趟恩師的心路歷程，擁有自己對信仰的詮釋與實踐。