退休炸弹专家佩恩（丹尼斯•霍珀 Dennis Hopper 饰）因不满政府的退休政策，产生了报复社会的念头。他先是在电梯里安装炸弹，劫持人质勒索100万美元赎金，但被特警杰克（基努•李维斯 Keanu Reeves 饰）拆除了炸弹，救出了人质。佩恩趁乱逃脱。
一计不成，佩恩并没有放弃，他继续他疯狂的计划。这次他炸毁了一辆公车，并在另一辆公车上安装了炸弹，只要该公车的时速超过了50英里就不能再减速，否则就会引起爆炸。当杰克赶上这辆公车时，公车已经满载乘客行驶在高速公路上，时速也早已过了50英里。
杰克是俗称的“胆生毛”，他冒险上了公车，和佩恩之间的生死时速开始了。

恢复平常生活的前任杀手约翰意外的遇见了一位老朋友，这一次他来到了罗马。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。