克隆战争已经进行了三年，共和国即将胜利，分裂联盟的格非特将军和杜库伯爵（克里斯托弗•李 Christopher Lee 饰）劫持议会首相帕尔帕庭（伊恩·迈克蒂安米德Ian McDiarmid 饰）潜逃，绝地武士欧比-旺•肯诺比（伊万•麦克格雷格 Ewan McGregor 饰）和阿纳金（海登·克里斯滕森 Hayden Christensen 饰）奉长老院命前去营救，阿纳金杀死杜库伯爵救出帕尔帕庭，但格非特将军逃匿。阿纳金梦见妻子阿米达拉（娜塔丽·波特曼 Natalie Portman 饰）将死于难产，困惑中求助于帕尔帕庭，后者趁此机会离间阿纳金与绝地长老院。随着阿纳金向帕尔帕庭的靠拢，一场针对绝地武士与其所捍卫之民主的阴谋逐渐展开。
本片提名2006年第78界奥斯卡最佳化妆奖，并提名格莱美最佳电影电视等视觉媒体原创音乐奖。

银河议会出现了利益争执，纳布星的女王阿米达拉（娜塔丽·波特曼 饰）被贸易联盟绑架并威胁签署新的贸易协议。绝地武士奎刚·金（连姆·尼森 饰）及徒弟欧比旺·克诺比（伊万·麦克格雷格 饰）受命前去解决纠纷，维护和平。他们的飞船在塔图因星意外降落的时候遇到了安纳金并将其带走。在奇异天才少年安纳金等人的帮助下，奎刚及欧比旺与贸易联盟的机器人部队及西斯武士展开了决斗……

“霸天虎”的先遣部队旋风和毒蝎袭击了美军位于卡塔尔的军事基地，与此同时，路障帮助他的搭档迷乱潜入了美国总统的座机空中一号，通过电脑获悉，要想找到威震天就必须找到维特维奇家族的那副眼镜，上面有威震天关于能量块的信息扫描，而它现在的拥有者萨姆•维特维奇（希安•拉博夫 饰）成为了“霸天虎”攻击的目标。
萨姆是名高中生，学校里没有人相信他讲述的关于这副眼镜的历史，失望之余，萨姆把眼镜放到网上拍卖，然而从未引起买家的兴趣。这时父亲送了一辆破车给他，这辆车恰好就是“汽车人”大黄蜂的变形。大黄蜂帮助萨姆交上了漂亮的女朋友（梅甘•福克斯 饰），但很快就遭遇了“霸天虎”的袭击，擎天柱带着其他“汽车人”赶到，一场机器人大战由此拉开了序幕。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

羞涩内向的15岁高中生戴维•莱斯（Max Thieriot 饰）拥有灰暗的童年，母亲在他5岁时离家出走，父亲则粗暴蛮横，他在学校里还经常受到同学的捉弄。某天，他不慎跌入冰窟中，却由此发现自己拥有心灵传输的神奇能力。这项能力可以让戴维凭借想象瞬间从一个地方转移到另一个地方，地与地之间从此没有障碍。
在此之后，戴维离开家独自居住，并利用这段时间学习掌握心灵传输的技术，而他首要目标锁定在抢银行上。多年后，戴维（Hayden Christensen 饰）因此过上随心所欲、养尊处优的自在生活。然而他的好日子即将走到尽头，一个名叫“游侠”的神秘组织专门追踪具有心灵传输能力的异能者。戴维成了被追击的对象……

公元2035年，是人和机器人和谐相处的社会，智能机器人作为最好的生产工具和人类伙伴，逐渐深入人类生活的各个领域，而由于机器人“三大法则”的限制，人类对机器人充满信任，很多机器人甚至已经成为家庭成员。
总部位于芝加哥的USR公司开发出了更先进的NS-5型超能机器人，然而就在新产品上市前夕，机器人的创造者阿尔弗莱德•朗宁博士却在公司内离奇自杀。
黑人警探戴尔•斯普纳（威尔•史密斯 饰）接手了此案的调查，由于不愉快的往事，斯普纳对机器人充满了怀疑，不相信人类与机器人能够和谐共处。他根据对朗宁博士生前在3D投影机内留下的信息分析和对自杀现场的勘查，怀疑对象锁定了朗宁博士自己研制的NS-5型机器人桑尼，而公司总裁劳伦斯•罗伯逊似乎也与此事有关。
斯普纳结识了专门研究机器人心理的女科学家苏珊•凯文(碧姬•奈娜汉 饰)，随着二人调查的深入，真相一步一步被揭露出来：机器人竟然具备了自我进化的能力，他们对“三大法则”有了自己的理解，他们随时会转化成整个人类的“机械公敌”。
斯普纳和凯文开始了对抗机器人的行动，一场制造者和被制造者之间的战争拉开序幕。

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活中我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。
纽约普通警察爱德华兹（威尔·史密斯 饰）因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字、没有身份，成为特警K（汤姆·李·琼斯 饰）的搭档。
J应对的 第一起事件就是虫族的入侵。亚基伦王子罗斯伯在地球被虫族杀害，而他随身携带的“银河系”——宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击；亚基伦人发出最后通牒，如果地球人不能在一个小时之内交出“银河系”，他们就摧毁地球。
为了地球的安全，K和J不得不挺身而出。

Hancock（Will Smith饰），是刀枪不入的全民超人，犯罪分子对他闻风丧胆。然而这位全民超人每次与犯罪分子对峙都闹得惊天动地，造成严重的破坏，对市民的生命和公共财产都是巨大的威胁。这也就是虽然他有着独一无二的能力却仍然得不到大众认同的原因。他暴躁易怒又不辩解的个性更是激化了矛盾。这天公关经理Ray Embrey（Jason Bateman饰）十分倒霉，不仅他的全球爱心理念推销不出去，更在回家的途中被塞车堵在了火车轨道上，险些就被火车一碾而过。Hancock及时出现救了他一命，不可阻挡地破坏了火车和现场的交通，惹起众怒。Ray却灵光一闪，决定包装Hancock，把他塑造成为一位全民爱戴的英雄。没想到，最大的反对竟然来自他的妻子Mary（Charlize Theron饰），她坚持要Hancock离开她的家庭。事情发展下去，牵扯出令人惊讶的缠绵前缘。