静静的宇宙，一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人，他们全然不知即将到来的灾难。原来，丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来，要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver 饰）已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因，变得特别强壮、忽明忽暗，成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔（维诺娜•赖德 Winona Ryder 饰）的年轻女人，正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”，意想不到的情形发生了！

第二部在延续第一部风格的同时，故事呈现出多线发展的格局，情节有了更高的观赏性。
第一部结尾，博罗米尔被强兽人杀死之后，两个霍比特人皮平和梅利也被强兽人绑架，阿拉贡、精灵莱戈拉斯（奥兰多·布鲁姆 饰）、侏儒金利一路追踪强兽人，营救皮平和梅利，遇到了“复活”的白袍巫师甘道夫 （伊恩·麦克莱恩 饰）。此时，投降索伦的白袍巫师萨鲁曼控制了人类洛汉王国的国王，并派出大量的强兽人军队，准备消灭人类。阿拉贡、莱戈拉斯和金利在甘道夫的带领下，帮助洛汉王国对抗邪恶力量的入侵。
幸运的皮平和梅利被会说话的树精救了出来，并且遇到“复活”的甘道夫，在甘道夫的授意下，树精保护了两人的安全，并且带他们参加树精大会，大会上，树精们讨论对待中土大战的态度：是继续当中立者，逆来顺受，还是奋起反抗？
身负重任的佛罗多（伊利亚·伍德 饰）和山姆继续向末日山脉前进，一路上被咕噜跟踪，弗罗多依靠至尊魔戒的力量，成为了咕噜的主人，在咕噜的带领下，他们到了末日山脉的入口，黑门。就在他们准备进入之时，博罗米尔的弟弟法莫尔出现，将他们带回了刚铎。弗罗多又遇上了新的危机：法莫尔想利用至尊魔戒的力量对抗萨鲁曼的攻击……