1967年，山景酒店发生灭门惨案，欧炳同因怀疑妻子有外遇，将其杀死后又与三岁儿子吞老鼠药自杀，三人的死状极其恐怖，房间的墙壁上写有“愿此刻永留”五个血字，留声机里正在重复播放“愿此刻永留”一曲。
1999年，印刷业电脑专家马文信（刘青云）下班后被神秘匪徒绑架，但家人及其女友傅骞人（郭蔼明）均没收到任何勒索电话。两天后警察阿 Pit（梁家辉）在马文信座驾中发现神秘血渍，跟踪发现马文信被倒吊在山景酒店发生灭门惨案的那间房里，且浑身布满伤痕。自此，马文信像被欧炳同的鬼魂附体一般，不光终日对傅骞人疑神疑鬼，还时常对其目露凶光。

香港最大黑社会帮会“和联胜”举行两年一度的办事人选举，阿乐（任达华饰）与大D（梁家辉饰）作为两大地区领导，暗地里展开争夺宝座的努力，一众有投票权的元老亦为自身利益而明争暗斗，选举因此相当不顺利。
结果，阿乐再次获选成为办事人，满心不服的大D决定挑战帮规，他要抢夺到象征最高权力的信物龙头棍，组织新帮会。五名小头目（古天乐、张兆辉、张家辉、林雪、林家栋饰）牵连其中，为争夺龙头棍展开连番内斗。最终鹿死谁手，一切不得而知。

由于两年前揭发同僚贪污，台北警官黄火土（梁家辉）被上级报复调入冷门的外事组工作，利益也曾连带受损的新同事对他怒言相向，加上妻子清芳（刘若英）受不了他长期不回家要求离婚，黄火土感觉他的世界正在逐渐四分五裂。
就在此时，三宗受害者的身份并无关联的震惊了台湾社会的离奇命案发生，法医（杨贵媚）验尸发现他们都是因中一种神秘的黑霉菌产生幻觉而死，因为缺乏此方面的人才，当局从美国请来此种案例的侦办专家凯文莱特（David Morse）协助破案，黄火土重被任用。随着一桩令所有人都目瞪口呆的事实的被发现，一场围绕政治利益与民众利益的斗争也在黄火土和办案伙伴李丰博（戴立忍）及整个警察队伍之间展开。