19世纪中国发生了巨大变革。这本书从分析中国社会的内部结构及其制度入手，强调了中国地方名流的作用，论述了在其影响下的地方组建武装活动的形成和发展，并就此对中国近代史的分期问题提出了新的看法。

《叫魂:1768年中国妖术大恐慌》中在中国的千年帝制时代，清高宗弘历可谓是空前绝后的一人，然而在乾隆盛世达到登峰造极的时候，整个大清的政治与社会生活却被一股名为“叫魂”的妖术搅得天昏地暗。在1768年从春天到秋天的那几个月里，这股妖风冲击到了半个中国，百姓为之人心惶惶，官员为之疲于奔命，皇帝为之寝食不宁。在讲述叫魂故事的过程中，《叫魂:1768年中国妖术大恐慌》重在讨论这背后的历史意蕴。叫魂故事可以帮助我们理解传统中国政治和中国社会的一些基本问题。

孔飞力以政治参与、政治竞争、政治控制为主轴，将中国现代国家形成与发展的“根本性议程”归结为三组相互关联的问题或矛盾：政治参与的扩展与国家权力加强之间的矛盾（本书第一章）；政治竞争的展开与公共利益的维护之间的矛盾（第二章）；国家的财政汲取能力同地方社会财政需求之间的矛盾（第三章）。这三组问题并非始于清代，而是历朝历代都要面对的，但却跨越了朝代鼎革一直存在到帝制晚期，并在帝制崩溃后继续成为20世纪中国现代国家构建时的基本问题。
孔飞力认为，当政治环境的变化对社会形成重大威胁时，人们便会围绕着种种“根本性议程”开始形成共识。在中国帝制晚期，深植于历史文化之中的种种知识资源，是在怎样的历史环境下，经过哪些人的努力，导致了向着现代性、具有中国特质的“现代国家”渐次发生转变？孔飞力通过论述魏源、冯桂芬、梁启超、章太炎等人的思想，结合晚清以来相关的历史叙事，较为宏观地回应了这一问题。
孔飞力对这部《中国现代国家的起源》非常自负。相对于孔的另外三部专著和其他专题论文，这本书确实很不寻常，此书的初稿是讲座稿，孔飞力别的论著均为实证研究；在本书中作者试图对一些较为宏观的问题作出正面回答，而不再隐藏在具体问题的研究背后。总的来说，孔飞力治学的宗旨，他所思考的核心问题，在此书中有最为直接的展现。
书中各章是以作者在法兰西学院所作的系列讲座（1994年）为基础改写而成，1999年先以法文出版，英文版于2002年推出，此次中文版首次问世。