本片以“儿子”铁头的视角，追忆了1953年至1967年大陆几次政治运动中的三位父亲（爸爸、叔叔和继父）及母亲陈树娟（吕丽萍）的形象。有关“爸爸”林少龙（濮存昕）的最初回忆美好单纯，可是在他于反右派斗争中被划为右派后，一切都变了样，母亲在焦急等待中，等来他被一棵倒下来的大树压死的消息；随后，爸爸的好友李国栋（李雪健）李叔叔走进铁头与母亲的生活，“叔叔”是很好的人，可是在大跃进后期的大荒中，也因积劳成疾死去；紧接，母亲的第三任丈夫老干部（郭宝昌）成了铁头的“继父”，一开始铁头对他没有任何好感，就在两人握手言和之际，“继父”在文革中被造反派批斗致死，母亲也被划成反革命分子。

幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。
在国家危难之际，年轻的剑心怀揣改变时代的梦想下山，加入奇兵队，日后更被桂小五郎纳入麾下，以刽子手的身份为时代的变革尽一份绵薄之力。年仅15岁的剑心接连刺杀多名政府要员，令对手闻风丧胆，直到某一天，一名下级武士在他的脸上留下一道无法愈合的伤疤。
来至京都寻找爱人的雪代巴邂逅了剑心，正是眼前这名瘦弱的男子将爱人从她的生命中带走。巴走入剑心的生活，随之经历了政治斗争的血雨腥风和田园乡下的宁静淡雅。也许她正是剑心那把狂舞之刀的刀鞘，但在大时代的背景之下，两个人的渺小幸福一触即碎……

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳（香川照之 饰）操纵女医师高荷惠（苍井优 饰）研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫（吉川晃司 饰）引起了前新選组头目斋藤一（江口洋介 饰）的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心（佐藤健 饰）登场。寄居在神谷道场的绯村渐渐融入神谷薫（武井咲 饰）和周边庶民的平和生活之中。然而武田欲壑难平，为了保护善良的人，剑心不得不拔出逆刃刀和相乐佐之助（青木崇高 饰）勇闯虎穴……
本片根据漫画家和月伸宏的经典原作改编。