20世纪90年代的半架空世界里，美苏两国的冷战仍在持续。此时一种被称为“Arm Slave”的人形机动兵已成为军队主力，与之相关的新技术受到各方势力的觊觎。佣兵化军事组织“秘银”拥有强大AS军队，负责打击国际恐怖行为。隶属于其下SRT分队的相良宗介（关智一 配音）中士在战场上强悍勇猛。某日他受到上级指派，与队友梅丽莎、克鲁兹一同前往日本执行保护任务。这次他们的保护对象是元气十足的高中少女千鸟要（雪野五月 配音）。
小要直率果敢，是学校的学生会副会长。她对作为转校生出现在阵代高中的宗介头痛不已。因为战斗达人宗介在日常生活中古板而又毫无常识，时常做出惊人之举，令两人的校园生活风波不断，笑料百出。然而小要身上隐藏着关于AS的重要机密，她与宗介的未来注定布满荆棘……
本作根据贺东招二的超人气同名轻小说改编。

公元2019年（正化31年），为了取缔扰乱公共秩序和风俗，侵犯人权的行为，而制定的“媒体良化法”已经经历了30年的考验，媒体良化委员会与“图书队”之间的战争席卷了整个日本。
渴望成为防卫员的图书队员笠原郁，没有向双亲吐露自己的心声，每天勤奋地进行着军事训练。郁在高中时，曾经差一点被一名媒体良化队员抢去书本，好在一位图书队员将其解救。为了成为正义的伙伴，郁把那位连脸都没有记住的图书队员当作是王子，并决定自己也要加入图书队，担负起守护书的责任。
不久，有着卓越运动能力和满腔热情的郁，被派遣到 “图书馆・特种部队”里……

这是一个魔女和人类共存的世界，当局所罗门组织了一支名为STN的行动部队，用以监视和猎捕会对人类造成威胁和伤害的魔女。罗宾（渡边明乃 配音）就是行动队中的一员，她本身亦是法力高强的魔女。当局将罗宾从欧洲派到了日本，参加猎捕魔女的计划。
随着时间的推移，罗宾渐渐开始对自己正在完成的事业产生了怀疑，她的搭档亚门（竹若拓磨 配音）对自己的态度一直不冷不热，与此同时，罗宾意外得知，亚门残酷的猎捕了他的前一任搭档，这令罗宾感到自危。与此同时，罗宾意外获得了及其强大的魔力，这让她的战斗力陡升，使其成为了所罗门重点防患的对象。

故事背景为日本的江户时代，风是一家小茶馆的侍女，这天茶馆里来了一群地方恶霸，其中地方官儿子龙次郎尤其欺人太甚。风因为意外得罪了龙次郎，情急之下，茶馆内一名无职浪人“无幻”出手救了风。另一方面，地方官正在欺压老百姓，流浪武士“仁”路见不平拔剑相助，杀死了地方官身边的四个“高手”保镖，救下了穷人，因此得罪了地方官。
随后，无幻和仁在茶馆里相遇并交手，忽然一场大火将他们困住，二人随之被捕。因儿子在大火中丧生，恼羞成怒的地方官勒令将二人砍首。砍首之日二人大闹刑场，并且在风的帮助下，从刑场中逃出来了。作为代价，风要求他们一起去寻找一个身上“带着向日葵香味”的武士。从此，三人展开了一场奇幻的旅程。
《混沌武士》由渡边信一郎监督，全片彰显了独特的浮世绘加现代Hip-Hop风格。本动画获选为2004年第八回日本文部省文化厅媒体艺术祭动画部门推荐的作品。