在私立莉莉安女子学院里，有着这样一个制度，新入校的学生要选择一位高年级的学姐，两人结为“姐妹”，在校学习的期间，姐姐将全方位的照顾教导妹妹的生活礼仪。在学院里，山百合会的名字如雷贯耳，作为会长的小笠原祥子（伊藤美纪 配音）、鸟居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是学院里女生们倾慕的对象。她们被称为学院的三朵蔷薇，平日里，她们和她们的妹妹，也就是蔷薇花蕾管理着学生会里的大小事宜。
平凡的少女福泽佑巳（植田佳奈 配音）在误打误撞中成为了祥子的蔷薇花蕾，同时也肩负起了管理山百合会的重任。在和其他花蕾相处的过程中，又温馨又轻松的校园生活开始了。

樱井雪乃（柚木凉香 配音）和樱井奏（生天目仁美 配音）是一对双胞胎，两人自打出生起就从来没有分开过，彼此间的关系之亲密可想而知。如今，升上高中的两人依然享受着充满了平静和幸福的“二人世界”，哪知道，一个名叫神山咲夜（加藤英美里 配音）的女孩子的出现将姐妹两人的日常生活给搅乱了。
奏发现，咲夜似乎和雪乃走得很近，奏误以为两人之间产生了情愫，克制住了内心的失落，奏决定避开雪乃，为他们制造一点私人空间。就这样，一直都是形影不离的姐妹两人渐渐疏远，在此过程中，雪乃终于意识到了自己心中深藏的对于奏的感情，一番波折之后，两人终于互相表白了心意，从此幸福的生活在了一起。

鸨羽舞衣与弟弟巧海在摇摆的邮轮上等待到案，他们的目的地是名为“风华学园”的高等学校。父母双亡的舞衣意外获得了风华学院的奖学金，决定与弟弟一起转到这所学校。
大海航行之中，舞衣突然发现大海上漂流的一名少女。这名抱着大剑的少女名叫美袋命，舞衣将她救上船。随后，船上又出现一名名叫玖我夏树的神秘长发女子。夏树见到命之后立即要取对方性命，并召唤出机械兽参加战斗！舞衣被眼前发生的情景震惊，但此时，她的超能力也觉醒！原来舞衣也是拥有“HiME力量”的超能力者。
战斗过后，舞衣与弟弟巧海继续向风华学园前进，却不知道，那里等待他们的，是HiME力量的秘密与宿命的束缚。