作为学校成绩名列前茅的水谷雫（户松遥 配音），实际上却有着和可爱外表超级不相配的冷漠性格。在她的眼里，将书读好，把钱赚够，这就是她梦寐以求的生活，至于其它的一切，都不过是会干扰她向目标迈进的浮云罢了。就是这样的雫，居然接到了一个非常棘手的麻烦——去给学校闻名遐迩的不良少年吉田春（铃木达央 配音）送讲义！
虽然初次的相处并不愉快，但随着接触的深入，雫发现，吉田春并不如表面上所看到的那样乖僻的粗暴，正相反，在他高大的躯壳里，居然藏着一颗害怕伤害他人的善良的心。因为害怕伤害，所以索性就全然拒绝，这就是吉田的处事哲学。而对于吉田来说，曾经看不上眼的优等生雫，也有着天真和细腻的一面。这样的两人在误解中渐渐的相互吸引着，再加上周围一帮稀奇古怪的损友们，甜蜜又青涩的校园恋爱剧就此拉开序幕。

在负责押送尸魂界王族秘宝“王印”的途中，一股神秘力量突然袭来，十番队虽奋力反击，却终究丢掉秘宝，日番谷冬狮郎（朴璐美 配音）也在阵前莫名逃亡。不久，日番谷临阵逃脱的报告传遍尸魂界，黑崎一护（森田成一 配音）从二番队队长碎蜂口中得知始末，之后遇见并救助了体力不支倒地的日番谷，继而得知袭击护送队伍且与日番谷交手的是一个早已死掉的死神草冠。这两个人当年曾是莫逆之交，他们的关系也让袭击事件变得扑朔迷离。日番谷的暧昧态度零十番队遭受软禁处罚，而草冠的背后有隐藏着怎样的势力和秘密？
本片根据日本漫画家久保带人的同名原著改编，系该动画的第二部剧场版。

1998年06月，意外事故后昏睡两年的两仪式苏醒了。
18年的记忆没有了，两仪织的人格也代替两仪式死去了。只有名为“黑桐干也”的男子守护在自己的身边。还有眼前奇怪的现象。两仪式获得了直视万物死之线的异形之力“直死之眼”。
黑桐干也的上司，苍崎橙子，来到医院接触两仪式，教导她“直死之眼”的使用方法。医院突然遭到袭击，式手握匕首，跨出了2年来，最坚毅的一步。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第四章电影版。

1998年7月，饮酒会归来的下雨之夜，黑桐干也收留了一位无家可归的少女。但不久，少女不辞而别，去向不明。
与此同时，发生了连续杀人事件。死者无一例外，都是由于身体被强大的力量过渡扭曲而死。伽蓝堂开始为此展开调查。
一步步深入的调查，犯罪者居然是当时不辞而别的少女浅上藤乃，而她的能力更是惊人的强大。两仪式，拥有“直死之眼”的少女，再次提起匕首迎战。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第三章电影版。

1995年9月，16岁的两仪式与黑桐干也相遇了。
男孩子气的两仪式穿着和服来到学校，特殊的她与任何人都没有交集，除了黑桐干也。二人产生了某种关联，并开始了安稳的校园生活。
同时，街上出现了连续猎奇杀人事件。由于警察朋友的关系，黑桐了解了一些内幕，他感到这个事件与式的双重人格有某种关系。
两仪式与两仪织，猎奇杀人事件的真相到底是什么？两仪家的秘密在黑桐眼前逐渐展开。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第二章电影版。

1998年9月，围绕巫条大厦发生了连续少女坠楼事件。媒体将其报道为无法解释的自杀事件，而有一个人，看出了事件背后的某种关联。
她是魔术师苍崎橙子，伽蓝堂事务所的所长。解决都市不可思议事件的伽蓝堂只有三位成员：苍崎橙子、黑桐干也、两仪式。拥有“直死之眼”的两仪式受橙子所托，前往巫条大厦调查。等待她的是意想不到的敌人，而对抗敌人的武器，只有那把一直在式手中的匕首。而远在伽蓝堂，黑桐似乎被巫条大厦的魔力控制，失去了知觉。
日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第一章电影版。

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美 配音）和葛城美里（三石琴乃 配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子 配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美 配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验……
本片为福音战士新剧场版四部曲第二部。

在全国大赛县内预选赛上，曾经的没落豪强乌野高中展现了强大的实力，但仍旧不敌及川彻带领的青城高中。遭受失利的乌野接下来将要去冲击春季高中联赛，而包括队长泽村大地在内的三年级学生也留了下来，要做最后的一搏。要想取得突破就得增强自身的实力，于是日向等人开始发奋练习并研究新的技术，这时他们收到了音驹高中的热身赛邀请，不过首先他们需要通过期终考试并再找一位经理。带着决心和憧憬，乌鸦再次振翅，准备飞翔。