在一段晦暗的日子里，云隐、雾隐和岩隐的忍者接连遭到神秘忍者的袭击，而从这些地方发来的通缉令全部指向了木叶村的漩涡鸣人。鸣人百口莫辩，最终被五花大绑，投入了“血狱”鬼灯城。鬼灯城地处大海中央的孤岛之上，四周波涛汹涌，怒浪滔天，小岛悬崖峭壁，地势险恶。此处囚禁着或罪大恶极或忠义至上的上忍，加上城主无为严酷的统治及严密防卫，鬼灯城堪称绝对无法逃脱的死地。即使明知不可为，鸣人也要想方设法从此地逃脱。在这一过程中，令他蒙受不白之冤的阴谋渐渐浮出水面……

第四次忍界大战结束的两年后，此时此刻的漩涡鸣人（竹内顺子 配音）早已成为盖世英雄一般的人物，无论他走到哪里都受到女孩子和小朋友的喜爱与追捧，他似乎也有其享受这样喧嚣欢闹的氛围。与之相对，壁花小姐日向雏田（水树奈奈 配音）则始终站在角落里，默默注视着这个她喜欢了多年的男孩子。雏田亲手为鸣人织了围巾，怎奈无法鼓足勇气交给对方，喜欢的话语更难以说出口。某个夜晚，雏田的妹妹花火（浅井清己 配音）遭到不明身份之人劫持，带火的陨石则落在附近的山坡之上。为了救回花火，阻止地球毁灭，鸣人、雏田、小樱（中村千绘 配音）、鹿丸（森久保祥太郎 配音）和佐井奉命前去调查舍人（福山润 配音）的真身。在此过程中，鸣人不小心知晓了雏田的心意…… 　　本片情节介乎《火影忍者》漫画699话和700话之间 ©豆瓣

刚刚结束了与叛忍集团“晓”的抗争，木叶村被一股诡异不祥的气氛所笼罩。此时此刻，漩涡鸣人（竹内顺子 配音）沉浸在对家人的思念中，孤独无助。某个晚上，心情糟糕的鸣人巧遇刚刚和家人吵架的小樱（中村千绘 配音），二人在公园闲聊之际，神秘的斑（内田直哉 配音）突然出现，并向二人使出瞳术。眩晕过后，鸣人和小樱发现看似一如平常的木叶村，曾经熟悉的伙伴竟然性格发生巨变。一连串不正常的事件令二人苦恼不已。更令人难以置信的是，包括佐助以及鸣人的父母波风水门（森川智之 配音）和玖辛奈（篠原惠美 配音）也出现在他们的面前。斑的阴谋慢慢展开……

经历漫长的战争之后便是极速成长的新时代。为准备中忍考试，佐助的女儿宇智波佐良娜，优秀下忍三月，以及漩涡慕留人三人，在村子里的练习场进行着各种练习修行。
第一次考试是考验智力，二次考试团则是队合作。不断突破难关的慕留人他们，终于在第三次考试的个人战格斗场在五影的见证下与鹿丸的儿子对阵。
而正在这时扭曲空间的大爆炸袭来，出现自称大筒木桃式和大筒木金式的二人组，操纵着寄生在双手里的写轮眼的他们一心想要夺取鸣人的性命，最终鸣人被他们带走。
第一次知道父亲走过的路，以及明白了对父亲的思念的慕留人，将他那幼小的身影与幼时的鸣人重叠的佐助和五影一起，进入有敌人等待的异空间，向敌人发起了有着必死决心的挑战。

漩涡鸣人所在的第七班接到了一个新的保护任务，电影《风云姫の大冒険》系列里饰演风云公主的女影星富士风雪绘要去一年到头都是雪的“雪之国”拍这部电影的完结篇，富士风雪绘的经纪人三太夫委托第七班去做她的保护者。而富士风雪绘为了不去“雪之国”，屡次试图从拍摄现场逃走，她这样做的原因，其实和她所隐瞒的过去有关。故事讲述的是以漩涡鸣人为首的木叶下忍们，接受保护因演出热门电影《风雪姬大冒险》而大红大紫的女明星富士风雪绘前往终年覆盖坚冰的“雪之国”拍摄电影的任务。但在那里等待他们的却是雪忍三人众的袭击。令人好奇的是这三个人居然与卡卡西老师有一段旧日的恩怨，在鸣人他们完成任务的同时，卡卡西过去的秘密也慢慢被揭开了。

幽灵军团的黄泉通过神秘的暗黑医疗术，复活了具有足以毁灭世界恐怖力量的魔物魍魉，希望以此建立黑暗的千年王国。魍魉俯身于黄泉身上，随即命令幽灵军团攻打鬼之国，企图杀害具有封印魔物和预言死亡能力的巫女紫苑，并准备夺回魍魉封印在沼之国的肉体。一旦魍魉的灵魂和肉体合二为一，世界将彻底灭亡。鬼之国遇袭的消息很快传到其他各国，叶隐村的忍者也被调动起来。鸣人、小樱、宁次和小李受命前去保护紫苑。然而，鸣人却从紫苑的口中得到他将死去的预言……

某日，一群使用风遁之术的空忍空袭火之国，无数民众和忍者遇害，形势危急。 据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西等人则负责侦查空之团的老巢，鸣人、小樱、雏田受命组成三人医疗小队，协助名医神农前往其徒弟雨琉的家乡医治伤者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助前去寻找神农。这也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢