隋朝末年，隋将王世充的侄子王仁则（于承惠 饰）在督建河防工事时，杀死了起来反抗暴虐的神腿张，但令其儿子小虎子跳河逃离虎口。小虎子被少林僧人救起收入寺中后，为报父仇毅然削发为僧，法名“觉远”（李连杰 饰）。
王仁则的侍卫长遇见牧羊女白无瑕（丁岚 饰）后垂涎其美色，强行将其 抢回府并欲酒 后施暴，恰巧被只身前来报仇的觉远发现。在救白无瑕逃生的过程中，觉远因武功欠佳被王仁则刺伤，促使其回到少林寺后更加刻苦练功。后因觉远救援被王仁则追赶的李世民，少林寺遭遇劫难，觉远身上的责任更重一层。

宦官专权的明朝中叶，东厂曹少钦（甄子丹）假造圣旨杀害了忠良杨宇轩，并想斩草除根杀死其后代。侠女邱莫言（林青霞）、江湖义士贺虎等人冒死救出忠良后代后，逃至边关沙漠里的龙门客栈，与杨宇轩部下周淮安（梁家辉）会合。龙门客栈实则黑店，老板娘金镶玉（张曼玉）利用乱世，以美貌和风骚 作诱饵杀人越货聚敛钱财，但她却为英俊潇洒的周淮安动了真心。为了摸清潜藏于龙门客栈中的出关暗道，周淮安将计就计，答应与金镶玉成亲。
洞房花烛夜，楼上的周淮安与金镶玉各怀心事暗中较劲，楼下的邱莫言、贺虎等人也与东厂一众“走狗”展开了明争暗斗，战事一触即发。

孝明年间，山河动荡，武林黑暗。隐姓埋名的侯府公子左卿辞，以江湖游医身份，在两月之期内，寻找一卷遗失的山河图，由此结识了易容盗贼飞寇儿。飞寇儿背景神秘，为给师父苏璇盗药不慎曝光身份，竟是正阳孽徒——苏云落。

正阳掌门金虚真人号令武林，抓捕苏云落。左卿辞为救苏云落，不惜身陷江湖风波。此时危机频发，侯府满门遭到权臣威宁侯陷害，左卿辞不得不卷入家国乱局。苏云落与之一同抽丝剥茧，翻出一段江湖秘史，更由此牵连出一段十年前的朝堂真相。

江湖相知，庙堂对峙，一为光明筑道，一为黑暗破局。 他与她明明触手可及，却永隔一寸相思......