在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。

林小如（李小璐 饰）是个最蠢笨的女孩，又是个最青春的女孩。她在护校就以粗心大意和烂成绩闻名，她有一个超级疼爱她的母亲，母亲为她搭通天地线，让她进入了全市最好的南方第五医院当护士。毫无意外地、她遭到所有同事的讥讽与嘲笑，然而她的爱心和善良却赢得了病人的真心赞许。
研究生邵剑波（任泉 饰）心高气傲，对医院种种陈俗陋习看不过眼，总以清高一面示人。然而林小如却看见了他性格中脆弱的一面，他每晚去一酒吧唱歌，那时的他十分忧郁。正当二人情愫渐生之际，医院院长千金、留学归来的蔡美云（张延 饰）却对邵剑波一见钟情。他们是众人眼中天造地设的一对。然而爱情讲究的、最终还是真心。
林小如的天真可爱融化了邵剑波心中愤世嫉俗的寒冰，让他认识到生活中平和美好的一面，他开始改变自己，他才明白，自己爱的是谁。