凯文（Keanu Reeves 饰）是个保持不败记录的年轻律师，娇妻相伴，事业有为的他宛如生活在天堂一般。受到纽约著名事务所的邀请，他携妻子来到纽约。奢华的生活近在眼前，一切似乎都昭示着明天的坦途与光明。
老板米尔顿（Al Pacino 饰）对凯文非常赏识，不断地委以重任，同时也带他见识了五光十色的世界。面临着工作的压力和色情，名利各个方面的诱惑，凯文渐渐的迷失在生活中，甚至忽视了妻子精神上的反常。直到失常的妻子自刎在他的臂弯中，凯文才猛然意识到身边的危机。
凯文愤怒的指责米尔顿给他设下陷阱。然而，究竟是魔鬼的诱惑还是内心的虚荣将凯文引向今日的迷雾与深渊？自由意志下凯文又会做出怎样的抉择？

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。