本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩（倪大红 饰）党羽密布、权倾朝野，清官海瑞（黄志忠 饰）不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜（陈宝国 饰）练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声甚嚣尘上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台......

19世纪末到20世纪初，这当中的二三十年说短不短说长也不长。对于中国，则是风云变化的几十年。在这当中，中国自二次鸦片战争后，又经历了洋务运动、甲午战争、戊戌变法、辛亥革命、二次革命等。其中，中国结束了清朝的统治，走向了民国；新思潮开始传来，旧制度渐渐走向衰退。千疮百孔的中国也正向着更光明的明天前进着。
在这二三十年的历史河流中，留下了许多亦正亦邪的人物，慈禧太后（吕中 饰）、李鸿章（王冰 饰）、袁世凯（孙淳 饰）、孙中山（马少骅 饰）等他们被记载在历史课本里，和中国的历史相挂钩。借由这部剧，让我们再回顾一下那个时代，那个风起云涌变化万千的时代。前路虽然艰辛，但我们也正一步步向前迈进。