巩伟（李连杰 饰）因警察工作的关系，平时不能给予重病的妻子李夏（佘南南 饰）更多照顾，也不能为懂事又武艺高强的儿子巩固（谢苗 饰）提供更多关怀。在妻儿需要他的时候，巩伟接到上级命令，假扮罪犯和香港黑道分子小黑（柯受良 饰）一同逃跑，踏上了卧底香港甫光（于荣光 饰）团伙的旅途。甫光团伙在炸弹交易中黑吃黑，巩伟在混战中救了香港督查方逸华（梅艳芳 饰），并凭借出色身手得到了甫光的信任。方逸华来到北京调查巩伟身份，获知真相，并在巩妻去世后带领巩固至香港寻父。方逸华的上司（刘松仁 饰）无意间暴露了巩伟父子的身份，使他二人身处险境。此刻甫光策划的拍卖抢劫行动亦迫在眉睫……

1960年代的香港，因生母在阿飞旭仔（张国荣）长大成人过程中的缺失，他把自己优雅地比喻为“无根鸟”，对生命中遇到的每一个女人都表现得放荡不羁，售票员苏丽珍（张曼玉）和舞女咪咪（刘嘉玲）先后令他感受过温暖，可是她们也只能当当小情人。为摆脱沉重和无力感，旭仔抛下一切去南洋找寻生母。
暗恋过苏丽珍且目睹过她与旭仔情感一路变化的，曾是小巡警今在跑船的超仔（刘德华）在菲律宾又遇到旭仔，是缘分也是宿命，他参与、见证了阿飞命运被改写的过程。

报社记者袁永定（万梓良 饰）遇到了一位前来登寻人广告的女子如花（梅艳芳 饰），无意中才发现了该名冷艳的女子原是鬼魂，早在50年前，她是一名红牌妓女，结识了一名纨绔子弟十二少陈振邦（张国荣 饰）。如花深深爱上了这名多情的公子，两人已到了谈婚论嫁的地步，由于身份悬殊，遭到了十二少家人的极力反对。无奈之下，他们以胭脂扣定情，一起吞鸦片殉情。如花未能在地府看到自己的爱人，便到阳间寻找。
如花在两名记者的帮助下，得知原来当年十二少被人救活了，如今生活潦倒。面对十二少的懦弱，如花伤心欲绝，把胭脂扣返还，回到阴间投胎转世。