段天涯（李亚鹏 饰），归海一刀（霍建华 饰），上官海棠（叶璇 饰），成是非（郭晋安 饰）是护龙山庄的四大密探，各自有着江湖众人无法匹及的绝技，效命于神侯朱无视（刘松仁 饰）。此时因正德皇帝(邓超 饰)痴傻，政局混乱，东厂趁乱把持朝政，迫害忠良。权倾朝野的东厂太监总管曹正淳(李建义 饰)更是仗势欺人，处处与护龙山庄为敌。正在四人深陷于儿女情长和身世经历之时，当前形势急剧恶化，一件又一件命案直指护龙山庄，无形的阴谋笼罩着护龙山庄，神侯更是因为被奸人诬陷锒铛入狱。而神侯此时趁机设局假死，在四大密探联手合作下将曹正淳一伙连根除去。原本以为阴谋就此结束的四人此时却发现，原来皇帝的痴傻实为伪装，而身边最大的阴谋家正是养育他们长大，却窥探皇位二十多年的神侯！

包龙星（周星驰 饰）用钱买来了一个候补知县的职位，可是为人贪婪，县上的人都对他痛恨之极。在他代替正式知县的时候，戚家媳妇戚秦氏（张敏 饰）遭到了常威( 邹兆龙 饰 )的强暴，后来常威动了杀机把戚家上下都杀害了，更嫁祸于戚秦氏。常威是水师提督大人的儿子，请来大状方唐镜（吴启华 饰），收买了所有证人以便洗脱罪名。包龙星虽然极力寻找证据，也被迫害至落难他乡。他决定要上京告御状，后来他因没钱不得不在妓院打工，向老板娘学习了一身斗嘴的好功夫。他在妓院里误打误撞认识了皇上，帮助皇上有功他被封了大官，重审戚家被害的案件。他凭着聪慧与口才，全力为戚秦氏讨回公道。

张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是天地会成员，致力于反清复明。因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，洪熙官全家人惨遭杀害，幼子文定（谢苗 饰）被藏进墙后密室，幸得避过大难。洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯，数年后在马家庄偶遇行骗的江洋大盗朱小倩（叶德娴 饰）与红豆（邱淑贞 饰）母女。少林遭逢劫难，至善禅师为防藏宝图被清廷夺走，将图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会。官府得到消息后，一路追杀五个孩子来到马家庄，打斗中洪熙官发现马宁儿当年其实并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物……

书生宁采臣（张国荣饰）收账不成，无处可归，遂夜宿鬼寺兰若寺，遇上侠士燕赤霞（午马饰），二人成为邻居。一日偶遇艳女小倩（王祖贤饰），二人两情相悦，但小倩乃是被树妖姥姥控制的鬼魂，专门迷惑精壮男子代姥姥吸取阳气。小倩见宁采臣心地善良不忍加害，并与他感情逐渐加深。宁采臣欲救小倩脱离姥姥魔掌，但苦于姥姥功力深厚，小倩无法脱离其魔掌。二人遂向燕赤霞求救......