张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

清朝康熙年间，少林俗家弟子洪熙官（李连杰 饰）是天地会成员，致力于反清复明。因被同门师兄马宁儿（计春华 饰）出卖，洪熙官全家人惨遭杀害，幼子文定（谢苗 饰）被藏进墙后密室，幸得避过大难。洪熙官将马宁儿刺死后与文定浪迹天涯，数年后在马家庄偶遇行骗的江洋大盗朱小倩（叶德娴 饰）与红豆（邱淑贞 饰）母女。少林遭逢劫难，至善禅师为防藏宝图被清廷夺走，将图纹在五个年幼的的俗家弟子背上，并密函告知洪熙官，务必护送他们前往红花会。官府得到消息后，一路追杀五个孩子来到马家庄，打斗中洪熙官发现马宁儿当年其实并没有死，而是变成全身是毒、刀枪不入的怪物……