张翠山（吴镇宇 饰）携妻及子张无忌（李连杰 饰）从孤岛出发赶去给其师父贺百岁大寿的途中，被人暗算，张无忌中寒冰掌。在武当山，张翠山和妻子被各大门派逼迫致死，张无忌也不再能练习武功，只能靠张三丰每日所输真气得以残活。张三丰的举动引来宋青书（邹兆龙 饰）的妒忌，他联合了峨眉女弟子周芷若（黎姿 饰）共同对付张无 忌。明教圣女小昭（邱淑贞 饰）令张无忌改变命运，使其先在断崖上遇到高人治好体内寒冰毒、学会九成“九阳神功”，又在明教禁地练得“乾坤大挪移心法”。得知蒙古郡主赵敏（张敏 饰）设计令江湖六大派围攻光明顶想歼灭明教时，张无忌决意为拯救明教赴汤蹈火。

20年代末，为完成师父的志愿，陈真（李连杰 饰）到日本学先进技术，求学中的他喜欢上了日本女孩山田光子（中山忍 饰）。因为师父霍元甲之死，陈真回到中国，协助师父之子霍廷恩（钱小豪 饰）主持精武门的业务，不料却引起了他的妒忌，师兄弟之间引发权力之争。
另一方面，陈真追查师父死因，怀疑是日军军官藤田刚（周比利 饰）暗中使用慢性毒药杀死霍元甲。陈真请医生验尸，证实师父确系中毒而死。藤田刚恐阴谋败露，杀人嫁祸，展开了连场恶斗。不久，藤田刚挑战精武门，他诱使日本黑龙会总教头船越文夫向精武馆挑战。比武之日，双方开展了一场惊心动魄的决战。