本片以“儿子”铁头的视角，追忆了1953年至1967年大陆几次政治运动中的三位父亲（爸爸、叔叔和继父）及母亲陈树娟（吕丽萍）的形象。有关“爸爸”林少龙（濮存昕）的最初回忆美好单纯，可是在他于反右派斗争中被划为右派后，一切都变了样，母亲在焦急等待中，等来他被一棵倒下来的大树压死的消息；随后，爸爸的好友李国栋（李雪健）李叔叔走进铁头与母亲的生活，“叔叔”是很好的人，可是在大跃进后期的大荒中，也因积劳成疾死去；紧接，母亲的第三任丈夫老干部（郭宝昌）成了铁头的“继父”，一开始铁头对他没有任何好感，就在两人握手言和之际，“继父”在文革中被造反派批斗致死，母亲也被划成反革命分子。

《鸽子树》原名《丛林中的雾正在消散》，改编自该片编剧叶楠的短篇小说《画眉鸟婉丽的鸣声》。《鸽子树》的故事情节极为简单：对越自卫反击战中。我军一支巡逻队在正常巡逻中遭到越军来自暗堡的袭击。当时大雾弥漫，三位战友生死不明，主人公葛泰等人在寻找战友的途中又付出了惨重的代价。最后，我方只剩下了葛泰孤身一人，他冒着生命危险继续寻找自己的战友，仇恨的火焰烧红了他的双眼，后来，葛泰终于找到了战友，但也发现了敌人，这个敌人却是—名越南女兵，正是她为两名受重伤的中国士兵包扎了伤口，由于她戴着头盔，很难分辨男女，葛泰在确认她是越南士兵后，便毫不犹豫地向她射出了一串复仇的子弹。葛泰走近伤员，这才发现自己刚才误杀了一位女兵，一位救助过我军士兵的护士。面对战友愤怒谴责的眼神，葛泰有些不知所措。大家都沉默不语。担架队来了，伤员们却都不愿上担架，他们坚持要让这位死去的越南女兵安息在自己的国土上，边界就在前面不远的地方。伤员们在新垒起的坟头上向女兵告别。一位腿被打折了的中国士兵由别人架着，亲临墓地。突然，他抢过担架队员手里的冲锋枪，向天上射出了整整一梭子子弹，以示对女兵的哀悼。浓雾散去，边界两方的炮火交叉轰鸣。躺在担架上的重伤员们一脸肃穆，他们心中腾升出一种人的、战士的尊严。

故事发生在地处偏远的贫穷山村之中，少女红杏（孔琳 饰）还未真正迎来自己的美好青春年华，便被两个哥哥李平娃（赵军 饰）和李狗娃（解衍 饰）以“换亲”的方式许配给了村里的万元户张强国（龚朝辉 饰）。
新婚之夜，张强国指责红杏并非处女之身，将她退了回去，并且强行带走了作为交换的姐姐。愤怒的李平娃将红杏暴打一顿，却问不出个所以然了。平日里，小学教师李明光（胡亚捷 饰）和红杏交往甚密，李平娃觉得一定是这个衣冠禽兽夺走了红杏的贞洁，于是发出了“杀人预告”。然而，由于李平娃兄弟两人平日里懦弱无能，所以并没有村民相信他们会真的将威胁付诸于行动，悲剧就这样发生了。