为了培养出忠实效忠于成人、在逆境中坚忍不拔的青少年一代，日本政府出台《BR》法案。每年都从全国学校随机抽出一个班级的同学，前往荒岛进行生存极限挑战——老师发给学生地图、粮食和各式武器，令他们自相残杀，直到存活下来的最后一个，才能离开荒岛。接下来，残酷的游戏规则和令人绝望的生存条件，使班级里的年轻人开始了相互杀戮。善良或者凶残，主动出击或者被动防守， 同学们开始了各自的计划，人性的丑恶在血腥的死亡中暴露无遗。
大逃杀的游戏在荒岛上壮烈上演。究竟学生们的宿命如何，谁才是最后的存活者。

有一天父亲（香川照之饰）突然来找阿笙（瑛太饰），告诉他有个素未谋面的姑姑死了，叫他去收拾下姑姑的房子。在河边的破烂小屋里，阿笙渐渐开始了解父亲口中的姑姑，到底有着怎样的一生。
小时候的姑姑川尻松子（中谷美纪饰）经常做着白雪公主似的美梦，她后来成为一名安分的中学教师，却因百口莫辩的误会被辞退了，之后和一作家同居，作家却因为太爱她而选择自杀，死前留下遗言：生而为人对不起。这件事对松子打击极大；之后与该作家的事业敌人同居直至，又忍受不住去找对方妻子的诱惑，结果惨遭抛弃；又是当上浴室女郎，甚至还杀人入狱，然而不管有意无意，她从不放弃生活的希望。不管生活再怎样破碎，她仍然本能地生存下去，这生存本身，足以打动任何人，包括阿笙。

日本神户某个飘雪的冬日，渡边博子（中山美穗）在前未婚夫藤井树的两周年祭日上又一次悲痛到不能自已。正因为无法抑制住对已逝恋人的思念，渡边博子在其中学同学录里发现“藤井树” 在小樽市读书时的地址时，依循着寄发了一封本以为是发往天国的情书。
不想不久渡边博子竟然收到署名为“藤井树（中山美穗）”的回信，经过进一步了解，她知晓此藤井树是一个同她年纪相仿的女孩，且还是男友藤井树（柏原崇）少年时代的同班同学。为了多了解一些昔日恋人在中学时代的情况，渡边博子开始与女性藤井树书信往来。而藤井树在不断的回忆中，渐渐发现少年时代与她同名同姓的那个藤井树曾对自己藏了一腔柔情。

由于乐队解散，大提琴手小林大悟（本木雅弘饰）就此失业。他和妻子美香（广末凉子饰）一起离开东京回到了老家山形县。然而即使在山形，没有实用一技之长的大悟还是很难找到工作。 “年龄不限，高薪保证，实际劳动时间极短。诚聘旅程助理。”一张条件惹眼的招聘广告吸引了大悟，不料当他拿着广告兴冲冲跑到NK事务所应征时却得知——“啊，那个是误导，我们要找人给去那个世界的人当助理。”事务所老板佐佐木（山崎努饰）向大悟说明了工作性质，所谓的“旅程助理”其实就是入殓师，负责将遗体放入棺木并为之化妆。 大悟踌躇良久，但还是接受了这份工作。他含糊其辞地对美香说自己当的是婚葬仪式助理，让她误以为是婚礼助理。 人妖青年、舍下幼女去世的母亲、带着无数吻痕寿终正寝的老爷爷，在各式各样的死别中，大悟渐渐喜欢上了入殓师这份工作。然而美香知道真相后，和他吵了起来……

铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。
本片根据青山刚昌的同名漫画改编，是该动画的第14部剧场版。

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。
50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。