《论天人之际》主要在探讨中国思想的一个主要特色，大致以“天”代表超越世界，以“人”代表现实世界。这两个世界在“轴心突破”以前已存在，但两者之间的关系则因“突破”而发生了重要变化。这是余英时先生自称为“收官之作”的重要作品。

《论戴震与章学诚:清代中期学术思想史研究(增订版)》讲述了戴震与章学诚是清代学术史与思想史上两大高峰，他们的出现，在作者看来代表了清代儒家智识主义的兴起，是儒家学术思想由“尊德性”向“道问学”这一学术转向的表征与逻辑结果。作者从戴震与章学诚的学术关系入手，细致地分析了清代儒学从理学转入考证并进而出现戴、章二大家的内因。