迈克尔（阿尔·帕西诺 饰）是美利坚黑手党科利昂家族的头目。 迈克尔的父亲维托·安多里尼（罗伯特·德尼罗 饰）出生于意大利科利昂镇。1901年，维托的父亲安东尼奥、兄长保罗、母亲（玛丽亚·卡塔 饰）都死于黑手党西乔家族之手。9岁的维托只得漂洋过海逃亡美利坚谋生。入境时，海关官员（理查德·沃森 饰）将其名姓登记为维托·科利昂。 1958年，迈克尔为儿子安东尼（詹姆斯·古纳瑞斯 饰）举办了初领圣体的聚会，不想当晚便遭遇暗杀。迈克尔侥幸躲过一劫，两名杀手却被人灭口。 维托在异国他乡如何生存？他身负的血海深仇能否得报？想要迈克尔性命的是谁？将杀手灭口的又是谁？

1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。