经过长时间的飞行，蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）搭乘的飞船并没有飞回地球！飞船返航途中发生意外，低温休眠舱在母船爆炸前脱离主船，掉进了一个黑暗、寒冷的星球。除了残存的主教外，只有蕾普莉一人生还。
这里是地球的一个外星废弃矿井，现在成了一个管制危险犯人的监狱。蕾普莉在医生的救助下恢复了健康。随着蕾普莉的到来，这里的犯人开始一个一个被神秘杀害。当局以为是犯人内部的犯罪，然而蕾普莉隐隐知道没这么简单。
当她找出主教的残体连接上电脑查看飞行记录后，证实了她的想法：异形来了。

蕾普莉（西格妮•韦弗 Sigourney Weaver　饰）是首次探险任务遇到异形后的唯一生还者，她一直冬眠直到被救援队救回地球。当她睁开眼睛后，才发现自己已经冬眠了57年！
期间，人类已经移居到了异形所在的星球。蕾普莉知道后，马上向当局报局该星球上异形的情况，但却被当局认为要么精神不正常，要么谎话连篇。蕾普莉见当局对她的说话不予理睬，便决心不再涉足和异形有关的任何事。
果不其然，在那个异形所在的那个星球上定居的人忽然和地球中断了联系。这时当局才注意到蕾普莉之前汇报的情况，决定派出军队去营救。蕾普莉被说服参与营救行动。
又一场腥风血雨的战斗展开了！

As Susan Hamilton sleeps she dreams that she is another person in an alternative reality as her greatest fears are acted out she is pursued by the notorious serial killer known as the Night Stalker.

联调局学院学员 Clarice M. Starling（乔迪·福斯特 饰）受行为科学组的 Jack Crawford（斯科特·格伦 饰）指派，前往州立巴尔的摩法医院访问被监禁的精神科医生 Hannibal Lecter（安东尼·霍普金斯 饰）。Lecter要求转到条件较 好的联邦机构，远离常常折磨他的 Frederick Chilton 医生（安东尼·希尔德 饰），并愿意为此提供持续作案的连环杀手水牛比尔（泰德·莱文 饰）的心理分析……