《中国思想史（套装共3卷）》为《中国思想史》第二版。全书以个人的观察角度与理解视野，对中国知识、思想与信仰的历史进行历史的研究与描述。该书不仅关心古代中国精英与经典思想的发展，而且分析这些思想得以形成与确立的知识来源和终极依据，也描述产生这些思想的土壤的一般知识、思想与信仰的历史，以及中国思想世界的最终确立和逐渐瓦解的过程。作者改变了过去作为教科书的思想史以人为中心的章节模式，引徵丰富的古代文献，也参考现代中外研究成果，清理与叙述从上古以来到十九世纪的中国人的知识、思想与信仰世界及其连续性历史，目的是希望理解和说明今天中国的思想传统是如何从古代到现代被逐渐建构起来的。论者评此书“突破了以往描述观念的历史嬗变的思想史写法，试图从知识、思想与信仰三者的经纬交错中、从精英与世俗之间观念的互动中揭示中国文明构成及发展的复杂底蕴”。

尽管今天禅宗历史和思想的研究已经是一个国际化的领域，在这领域中有各种各样的研究方法，有从内在体验出发的探讨禅思想，有立足于后现在理论阐发禅思想，有从文献考据学研究禅宗，有对禅宗历史进行艺术演绎和意义发挥，但是作者与这些都不一样，而且也没有像通常那样把禅宗依照时间、宗派详细解释，而是首先依据各种文献梳理禅学发展脉络，把禅宗的发展分为几个阶段，总结出每一个阶段的特征。这样让人对于禅宗理解不再是几个宗派的简单认识，而是不同时期的禅宗究竟是怎么发展的，它具有何等的特征与形态。

国家与民族的动荡不安，把所有学者抛进巨浪颠簸之中，把那个时代知识人的心灵撕得四分五裂。在这些学者身上，可以看到时代的吊诡、潮流的变迁和思想的动荡，一个时代的学风与人格，仿佛在暗黑之雾中渐渐消失，学术和思想在互相刺激，知识与政治在彼此纠缠，理智与情感在相对 角力。尽管说余音绕梁也可以“三日不绝”，但是“三日”之后呢？余音或成绝响，总会袅袅远去。
本书收录了葛兆光教授纪念晚清民国以来16位已故学人的随笔。这些人中，有的融入历史的大动脉中，有的成了被遗忘的暗流。作者回顾他们的经历，探寻他们知识、思想和信仰世界的“变”与“不变”，捕捉思想史与学术史、时代与个人间那微妙的角力与交融。