未来某年的7月2日，美国各地的监视站发现一艘直径达数百英里的巨大飞船接近了地球。飞船发出的无线电信号干扰了地球的通信卫星信号，并放出了多艘直径达15英里的子飞船飞抵地球上各大城市的上空。外星飞船敌友未明，人们陷入了恐慌和迷惑。
电脑工程师戴维（杰夫•戈德布拉姆 饰）破译出外星人发出的无线电信号，其实是攻击的倒计时信号，他设法通知了前妻，总统的助理康妮，但是为时已晚，7月3日，外星人的飞船开始攻击地球，人类文明瞬间遭到巨大的打击和灾难。总统（比尔•普尔曼 饰）等人撤离到军事基地，指挥空军反击，却犹如以卵击石，毫无作用，军事基地也被摧毁，唯有飞行员史蒂文（威尔•史密斯 饰）设法诱使一架外星人战斗飞艇坠毁。
幸存者们逃到了秘密军事基地，在那里，科学家们一直在研究一艘50多年前坠毁的外星飞艇，致力于找出对付外星人的办法，那里也是人类最后的希望……

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。
卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。
面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

小埃利奥特（亨利托马斯）发现一个意外走失的小外星人，他悄悄的收留了小外星人，并把他介绍给自己的哥哥和妹妹。孩子们与外星人友好的相处，给他吃巧克力，带他去郊外寻找家人留下的痕迹，并为小外星人的种种特异功能兴奋不已。渐渐的埃利奥特与外星人之间形成了某种奇妙的联系，跨越了言语沟通的障碍。
可是不久，外星人的存在被大人们知晓，无情的追捕行动展开了。ET被抓进实验室，小埃利奥特也一病不起。孩子们愤怒了，他们自发组织起来，营救外星人。埃利奥特也在心灵的感召下苏醒过来，加入营救行动。他们能成功么？

　　1978年意大利大卫奖最佳外语片。 　　1945年的一天夜里，当诺伊·尼尔瑞（理查德·德莱福斯 Richard Dreyfuss 饰）在装载卡车时，忽然被神秘的光线所笼罩，之后奇怪的幻象和五个音符一直在他脑海中回旋。他能否发现幻象的意义，又是谁将其置于他的脑海中呢？ 　　与此同时，美国政府同星际来客有了一定的接触并确定其降落的地点。为了掩饰真相，政府要求人们远离此地。然而，包括诺伊在内的一群人，却被其共同的幻象所吸引，来到此地。 　　在沙漠中的魔鬼山上，空军临时修建的基地上空，外星人如约来到，他们的飞船流光异彩，将半个天空都照亮了。人类播放了以前从太空接受到的外星人信息中破译出的音乐作为联络的手段，飞船的大门打开了，从前失踪的地球人都回到了自己的家乡，而一批外形矮小的外星人则来到地球人中间和他们做心灵的沟通……