不久的将来，网络黑客尼奥对这个看似正常的现实世界产生了怀疑。他结识了黑客崔妮蒂，并见到了黑客组织的首领墨菲斯。墨菲斯告诉他，现实世界其实是由一个名叫“母体”的计算机人工智能系统控制，人们就像他们饲养的动物，没有自由和思想，而尼奥就是能够拯救人类的救世主。可是，救赎之路从来都不会一帆风顺，到底哪里才是真实的世界？如何才能打败那些超人一样的特勤？尼奥是不是人类的希望？这是黑客的帝国，程序和代码欢迎大家的到来。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

侯爵夫人梅特伊(格伦·克洛斯 Glenn Close 饰)和恶名昭彰的浮华浪子瓦尔蒙（约翰·马尔科维奇 John Malkovich 饰）是两个在情场可互相匹敌的朋友，利用性当作武器，去抵毁对方的名誉与地位。一日，梅特伊提出让瓦尔蒙去勾引16岁的贵族少女塞西尔（乌玛·瑟 曼 U ma Thurman 饰），使其失身从而身败名裂。而瓦尔蒙却认为这样太缺乏挑战，他非但引诱了纯洁的塞西尔。还追加赌注勾引虔诚、美貌素以贞节著称的杜维尔夫人（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）。最终杜维尔夫人投入了他的怀抱，而瓦尔蒙也渐渐真心爱上了杜维尔。梅特伊心生妒火，让自己的音乐教师兼新情人唐斯尼（基努·李维斯 Keanu Reeves 饰）替她报复，结果，瓦尔蒙在与唐斯尼决斗时死于剑下，杜维尔伤心致死，而梅特伊也因此名誉扫地。

退休炸弹专家佩恩（丹尼斯•霍珀 Dennis Hopper 饰）因不满政府的退休政策，产生了报复社会的念头。他先是在电梯里安装炸弹，劫持人质勒索100万美元赎金，但被特警杰克（基努•李维斯 Keanu Reeves 饰）拆除了炸弹，救出了人质。佩恩趁乱逃脱。
一计不成，佩恩并没有放弃，他继续他疯狂的计划。这次他炸毁了一辆公车，并在另一辆公车上安装了炸弹，只要该公车的时速超过了50英里就不能再减速，否则就会引起爆炸。当杰克赶上这辆公车时，公车已经满载乘客行驶在高速公路上，时速也早已过了50英里。
杰克是俗称的“胆生毛”，他冒险上了公车，和佩恩之间的生死时速开始了。

麦克（瑞凡•菲尼克斯）和斯考特（基努•里维斯）同为沦落街头的男妓，然而因为相差巨大的家庭背景，“同为天涯沦落人”的他们并非表面般“心照不宣”。
时常昏厥的麦克脑海中一直充满着有关童年的破碎片段，爱达荷的诗意田园也常常入他梦境，他一心想找回失散多年的母亲，将斯考特视为知己和爱人。斯考特本是波特兰市长的儿子，“自甘堕落”只为体会放荡青春的快感，他清楚地知道，虽然现在陪着麦克一路从波特兰到西雅图，又从爱达荷到意大利，麦克却成不了他最终的温暖归宿，他能回归的，是权势、荣华与姑娘。