时光飞逝，当年的小飞侠彼得·潘（Robin Williams 罗宾·威廉姆斯 饰）已长大成人，成为一名出色能干的律师。他与儿时的女伴温蒂（玛吉·史密斯 Maggie Smith 饰）的孙女结婚，并育有两个可爱的孩子。一家人在现实世界中幸福温馨，其乐融融。此时的彼得已忘记了自己小飞侠的身份，以及曾在梦幻岛上那惊险和快乐的时光。
在带着妻儿探望祖母的路上，邪恶的铁钩船长（Dustin Hoffman 达斯汀•霍夫曼 饰）竟然再次出现，并虏去了他们的孩子。焦急的彼得手足无措，为了拯救孩子，他必须尽快找回小飞侠的身份，回到梦幻岛与宿敌决一雌雄……

电影由乔治·米勒、乔·丹特、约翰·兰迪斯和史蒂文·斯皮尔伯格四位导演所拍摄的四部短片所组成。
某一天，种族歧视者比尔（维克·莫罗 Vic Morrow 饰）乘坐着时光旅行机回到了过去，可是，在那里等着他的，却是被歧视和侮辱的可怕命运。
没有人知道布鲁先生（斯加特克罗索斯 Scatman Crothers 饰）从哪里来，他又有着怎样的过去，人们只知道，这个神秘的男人拥有能够让人返老还童的奇妙魔力。
海伦（凯瑟琳·奎南 Kathleen Quinlan 饰）遇见了名叫安东尼（Jeremy Licht 饰）的男孩，在他平凡的外表下面，隐藏了一个惊人又残酷的秘密。
没有人相信神经兮兮的瓦伦汀（约翰·利特高 John Lithgow 饰）的所言所语，因为他竟然声称一只巨大的怪兽出现在了半空中将一架飞机撕成两半，然而他的话真的只是胡言乱语吗？

19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。
在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的神秘力量，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻失落的黄金城埃克托王国。
在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开酣畅淋漓的战斗，其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致命威胁，在他们历经千难万险，最终踏入密室的那一刻，世界上最奇异的景象出现了……