在胡金铨的年表中，《忠烈图》似乎恰成分水岭，此后他对影片中武打场面的经营渐渐递减，开始强调更多形而上的思维。本片描述明朝一群忠义侠士，抵御倭寇入侵的故事。最精彩处在于胡导大量以「棋盘」布阵的创意，藉以比喻敌我双方的对峙。除了徐枫、白鹰等班底，片中还能看到洪金宝、元彪、元华这些后来的武打明星的年轻模样。

故事发生在名为“三宝寺”的古刹之中。住持即将圆寂的消息惹得江湖之中一片风雨，原因在于寺庙之中藏有玄奘法师的珍贵手写经书《大乘起信论》，谁若能接替住持的衣钵，便能获得这无价的珍宝。住持有三个徒弟，传衣钵是大事，于是住持请来了王将军（田丰 饰）、施主文安（孙越 饰）和悟外法师 （ 吴家骧 饰）。除了悟外法师之外，其余两人均觊觎经书的连城价值，文安甚至带来了女飞贼白狐（徐枫 饰）以备不时之需。
住持有三个徒弟，大师兄（石隽 饰）和二师弟早已经被王将军和文安收买，只有三师弟慧思（秦沛 饰）是一心一意的为寺庙着想。就在这个节骨眼上，一位名叫邱明（佟林 饰）的男子来到寺里剃度为僧，邱明身为流犯却实为含冤受屈，而令他受冤且害他家破人亡的罪魁祸首不在别处，正在这寺庙之中。

五代十國是一個神秘、紛爭、奇人奇事不斷的年代。瘋狂的周世宗自以為天下第一，但是病總是不能根治。皇后、宰相和其他臣子尋訪天下第一名醫張伯謹，其人醫病不按牌理出牌，他要求天下第一名畫的華陀再世圖為酬，結果天下第一畫卻想尋得天下第一美女以摹擬其相貌完成壁畫。第一美女卻要天下第一美玉....

元朝未年，朱元璋率众反抗元朝统治，其部下沈天松企图将朱的布兵图献给蒙古王爷李察罕。李察罕率高手前往陕西接头，反元志士与陕西迎春阁客栈主人万人迷商量对策，并乔装打扮，严阵以待，准备捉拿内奸并夺回布兵图。李察罕也带人住进迎春阁客栈，沈天松献图后即被活捉。女侠黑牡丹前往李察罕处盗取布兵图，却误取了另一文件，她的同党小辣椒在将文件放回原处时遭到杀害。李察罕查觉后亲自查看，双方斗智斗力，短兵相接，展开一场鏖战。

江湖败类“索命五虎”作恶多端，杀人如麻。其老大被两江总督张大人俘获，不日问斩。其余四虎铤而走险，劫走张大人之子张步青以作要挟。张步青之妹张熙燕（郑佩佩 饰）武艺高强，人送绰号“金燕子”。为救兄长，张熙燕独闯虎穴，然恶徒狡猾非常，金燕子救兄不成，还险些丢掉性命。关键时刻，幸得隐于江湖的侠客范大悲（岳华 饰）出手搭救。
范大悲曾为某寺院修行者，其师兄了空大师为夺掌门人之位杀害师傅，师傅临死前将丐帮掌门人信物交给范大悲。念及师兄弟之情，范从此隐姓埋名，以醉猫的诨号浪荡江湖。此次索命五虎与了空大师联手，势要将金燕子和范大悲斩草除根……

明朝中叶，宦官当权，兵部尚书于谦遭陷害入狱，满门抄斩，只剩下一儿一女被押送塞外龙门充军。东厂太监曹少钦（白鹰 饰）意欲斩草除根，派人截杀两个孩子，被于谦旧部朱骥阻拦。曹少钦又派心腹皮绍棠（苗天 饰）和毛宗宪（韩英杰 饰）赶到出关必经之地龙门客栈拦截。其时义士萧少镃（石隽 饰）也赶赴客栈与栈主会合商议搭救忠良之后，朱骥与其女扮男装的妹妹朱辉（上官灵凤 饰）也赶到客栈，三路人马碰头，怀着各自目的，试探彼此身份，很快变成一场混战，此时曹少钦也正飞速赶来龙门客栈，武功极高的他是义士们的最后宿敌……

落第举子何云青（石隽 饰）受高僧所托，前往秦凤路经略府抄经书。云青所抄之书乃《大手印》，相传此经能沟通阴阳两界，超渡亡魂。途中云青三遇神秘吹笛女子，几经周折后他来到经略府，受到参军崔鸿至以及王婆的热情招待。当夜，云青受邀到王婆府上吃饭，结识了一位妙龄女子乐娘（徐枫 饰）。此时有个番僧闯上门来，云青认得他是跟了自己一路的人，王婆却很快把他赶走了。席间，乐娘击鼓助兴，云青在鼓声中渐渐昏迷。
次日云青醒来，发现与乐娘共处一室，他已不记得昨夜之事，乐娘却哭诉云青是个负心郎，王婆随即撮合二人成亲。结为夫妻后，云青与乐娘过上了神仙眷侣的日子，整天沉溺于床笫之欢中。然而这一切的背后，隐藏了一个极大的阴谋，王婆与乐娘，真实身份到底如何……

没落书生顾省斋（石隽 饰）在小镇经营字画铺，靠着代写书信春联养活自己和家中老母。顾生偶然结识了家附近废屯堡新搬来的杨之云（徐枫 饰），与其暗生情愫。东厂密探欧阳年（田鹏 饰）跟算命瞎子（白鹰 饰）动手时，偶然被顾生与其母遇见，遂将受伤的算命瞎子就近带到杨之云处， 从而得知他们的真正身份——因弹劾宦官魏忠贤而被杖毙的左副都御史杨涟之女杨慧贞，保卫忠良之后的石门樵将军。因二人都被朝廷通缉，东厂追杀，顾生就此在屯堡设下重重计谋，又得高僧慧圆（乔宏 饰）帮助，以期摆脱东厂追兵，逃出生天。
电影根据蒲松龄《聊斋志异》中《侠女》一篇改编。