舞台是浅草。初中二年级的矢逆一稀、久慈悠、阵内燕太三人，某天遇到了神秘的河童型生命体“Keppi”，并被强行夺走了尻子玉而变成了河童。
“想要变回原状的话，就通过‘某个方法’产生联系，并把僵尸的尻子玉拿来吧”。Keppi如此告知三人。究竟少年们能否相互产生联系，并夺取僵尸的尻子玉呢？！与此同时，新星玲央和阿久津真武执勤的派出所，似乎也发生了什么。

故事以高仓家三兄妹为中心而展开，高仓冠叶（木村昴 配音）、高仓晶马（木村良平 配音）兄弟俩和患有绝症的妹妹高仓阳毬（ 荒川美穂 配音）。
有妹控情结的高仓兄弟俩都非常珍视阳毬，然而医生却让他们做好随时失去妹妹的准备。这天兄妹三人一同去水族馆游玩，可是一转眼兄弟二人发现妹妹不见了，随后他们在围观人群中央发现倒地不醒的阳毬。抢救无效被宣布死亡的阳毬竟然在停尸房里醒过来了！惊讶无比的兄弟俩把妹妹接回家，不久后他们收到了一份奇怪的包裹，打开后竟然发现里面有三只谜样企鹅。这三只企鹅憨态可掬，除了他们，外人都看不见这些企鹅。这一切究竟是怎么回事，命运的齿轮又会如何转动？

宇宙中的一场爆炸让地球上的熊类发生了暴走，身强体壮的熊类很快就让人类伤亡惨重，一场旷日持久的人熊之战就此拉开序幕。为了生存，人类建起了高耸的墙壁，将熊隔离在了墙壁之外。然而，他们并不知道的是，在这个世界上，危险的并不仅仅是那些凶猛强壮的野兽们。
岚丘学园学院中，来了两名转校生，她们是百合城银子（荒川美穂 配音）和百合咲露露（生田善子 配音），表面上看来，她们只是柔软可爱的女孩子，然而，两人的真实身份，竟然是可以化身成为人类的熊。外冷内热的椿辉红羽（山根希美 配音）、外柔内刚的泉乃纯花（小仓唯 配音）、善良开朗的百合园蜜子（悠木碧 配音），在百合城银子和百合咲露露的眼中，她们都是散发着香味的猎物。

　　打扮成男子模样的少女天上欧蒂娜因为某个原因而转学到贵族学校·凤学园，在那里，她遇到了被称为“蔷薇的新娘”的美丽少女姬宫安希，从而被卷入了一场以争夺“蔷薇的新娘”为目标的决斗游戏。

　　剧场版并非TV版的续篇，所有设定都作了大幅度变更。监督几原邦彦在制作剧场版时，对于电影的本质深思熟虑许久，针对TV和剧场的特性，减少突发演出的场面，希望让观众更容易理解作品的意涵。画面比TV版更华丽且超乎现实，但是相对地，故事更现实而残酷。
　　剧场版探讨到少年与大人、梦想与现实的冲突。编剧榎户洋司言道：「这是根据青春的价值观作出的作品。」所谓青春并不是多么愉快的事物，但其中仍有无可取代的快乐，所以才觉得怀念。榎户秉持这份对青春的价值观，创造令人为之动容的剧情。
　　剧场版中，欧蒂娜小时後不曾遇见过王子，想成为王子是由于其他更强烈的理由，男装打扮也比TV版更为彻底，只有在决斗时才会把头发放下回复成长发，动作和语气也显得更男孩子气。另一位女主角安希的造型则变成长直发，不戴眼镜。性格变得极其开朗活泼……另外，安希与晓生兄妹之间的关系，也变得更为悲壮残酷。
　　剧场版中依然充斥无所不在的「王子」符号。桐生冬芽是欧蒂娜的王子，树璃被学校里的女学生们称为王子，枝织的儿时玩伴是王子，凤晓生是被魔女封印的蔷薇的王子，主角欧蒂娜也想要成为王子。然而，不论「曾经是王子」或「想变成王子」，都不是真正的王子，王子的涵意究竟为何？而身为被王子保护的存在的柔弱的「公主」，又要如何独力面对现实的世界，进行「少女革命」？

天上欧蒂娜是一位穿着男生制服的性格少女。年幼时为一位王子所救，由于心怀憧憬而期望自己能成为王子。
入读凤学园之后，欧蒂娜因为特立独行的作风而受到校方责难，但同时也成为了众人目光的焦点。这样的欧蒂娜遇到了被称为“蔷薇的新娘”的柔弱少女姬宫安希，同情安希的遭遇而决定保护她的欧蒂娜，被卷入了学生会争夺“改革世界的力量”的一系列决斗中，向“世界的尽头”发起挑战。

少女革命的原作是以幾原邦彦为首的原创团队ビーパパス（Bepapas），团队成员包括榎户洋司、さいとうちほ(斋藤千穗)、長谷川眞也、小黒祐一郎等人。有些人以为由斋藤千穗执笔的漫画是《少女革命》的原作，这其实是误解，实际上少女漫画家出身的斋藤与幾原就《少女革命》的主题意见相左，这一点在漫画版《少女革命》中亦有所体现。而《少女革命》的TV动画由于其隐晦深刻的内涵和独特的世界观而与EVA、机动战舰并称为OTAKU三大经典。